Все эти черты камерного стиля отчетливо выражены в последней серии квартетов Гайдна — шести произведениях ор. 76 (1797), посвященных графу Й. Эрдёди. При своей камерной выдержанности эти квартеты очень многообразны, и каждый из них имеет индивидуальный облик. Современные исследователи находят даже, что поздний Гайдн отчасти возвращается к баховским приемам и вместе с тем местами предсказывает Бетховена. Содержательны и различны первые части последних квартетов. В одном из них, ор. 76 № 5, цикл открывает Allegretto — сицилиана с вариациями, в другом, № 6, — тоже Allegretto, представляющее собой вариации с фугой. Первая часть квартета № 4 на редкость богата в своем образном развитии и содержит множество эмоциональных оттенков. Она и вызвала название квартета — «Восход солнца». Блестящее и виртуозное по изложению Allegro из квартета № 3 достаточно свободно и гибко в понимании сонатной схемы. Уже сами темы его изложены далеко не с той простотой и ясностью, как это бывает в лондонских симфониях, а заключительная партия как бы синтезирует все предшествующее в экспозиции. В разработке большое значение приобретают полифонические приемы и усложняются гармонические средства.
И в этих квартетах не уклоняется Гайдн ни от острой характерности, ни от острожанровых моментов, но, в сочетании с более отвлеченным тематизмом и некоторой текучестью движения, характерность и жанровость выступают уже несколько по-другому — контрастно, еще более, до резкости, остро. Так, например, даже менуэты иной раз выделяются в общем контексте остротой на грани гротеска. Таков жесткий и скерцозный канонический менуэт в квартете № 2 из этого опуса, прозванный «менуэтом ведьм» (весь квартет по своим исходным интонациям называется «Квинтовым»)
В квартете № 1 менуэт заменен самой быстрой частью цикла — Presto, в котором содержатся остро-необычные мелодические и гармонические последования, среди них — движение мелодии по увеличенным секундам и жесткие диссонансы на органном пункте.
На ином полюсе стоят в поздних квартетах их лирические медленные части, то сдержанно-созерцательные (Фантазия в № 6), то утонченные и колоритные (Adagio в № 4), то почти романтические по характеру вдохновения и стилистике (Largo cantabile e mesto в № 5). Поистине пленительно последнее Largo. Входящее в квартет D-dur, оно написано в Fis-dur, и эта редкая в то время тональность уже сообщает ему в контексте цикла особую, редкостную окраску. В широкой мелодии с ее плавными волнами по гармоническим тонам есть что-то романтически мечтательное с идиллическим оттенком (в интонациях отмечают «свирельность»). Все просто, ясно, мягко и колоритно; Гайдн словно любуется самим звучанием спокойного и «густого» Fis-dur'a. Ho в этой простоте есть своя высшая «отобранность», как в «абсолютной» мелодике Бетховена: каждый звук значим и драгоценен.
В 1799 году созданы два самых последних квартета Гайдна (ор. 77), посвященные князю Ф. И. Лобковицу. Они примыкают по стилю к шести предыдущим и продолжают линию новаторства в камерном жанре. Это проявляется в гибком построении первых частей, интересных ритмической энергией движения, его последовательностью и одновременно прорывами патетики (№ 2), применением полифонических приемов в разработке. В ряде частей заметно стремление Гайдна к тонкой хроматизации музыкальной речи. В Adagio из квартета № 1 (оно выделено Es-dur'oм в G-dur'ном цикле) примечателен лирически выразительный, внутренне контрастный дуэт-диалог виолончели и скрипки. Менуэт в квартете № 2 поражает своим остроумием, вызывающей смелостью и легкими жесткостями секундовых созвучий между двумя партиями. Эффектный финал этого квартета, хотя и идет в темпе Vivace, напоминает блестящие полонезы, входившие в моду как раз в те годы.
К 1803 году относится неоконченный квартет Гайдна ор. 103. Написаны всего две части: Andante grazioso с вариациями B-dur и менуэт в d-moll. Судя по соотношению тональностей, это средние части предполагаемого цикла, который задуман в ре миноре: если бы Andante писалось как первая его часть, менуэт не мог звучать в иной тональности, то есть оставался бы в B-dur; если же Andante является второй частью цикла, то естественно его выделение другой ладотональностью из общего d-moll. Таким образом, Гайдн, видимо, не дописал крайние части цикла, наиболее сложные по характеру развития. Вместо этого он пожелал воспроизвести в конце партитуры свою визитную карточку с нотными строками из своей же песни «Старец»: «Нет больше сил, я стар и слаб». Вместе с тем имеющиеся части неосуществленного цикла не обнаруживают творческой слабости и бессилия. Даже если композитору не захотелось браться за Allegro и финал, сделанное им остается полноценным и свежим.