Перед отъездом из Англии планы Л. Моцарта изменились, и он уступил просьбам голландского посланника посетить Гаагу. Через Дюнкерк, Лиль, Гент, Антверпен и Роттердам семейство добралось 11 сентября в Гаагу. В Генте и Антверпене Вольфганг играл на больших органах в местных церквах. В Гааге все шло поначалу хорошо. При дворе штатхальтера Вильгельма Оранского Вольфганг произвел отличное впечатление, с успехом он выступал в концерте 30 сентября, где исполнялись также его симфонии (!). Но вскоре по приезде Наннерль тяжело заболела брюшным тифом и в октябре даже находилась при смерти. Не успела она оправиться, как начался тиф у Вольфганга. Лишь в январе 1765 года брат и сестра были в состоянии снова выступать в концертах, которые состоялись в Гааге и Амстердаме". В объявлении об одном из этих концертов было указано, что Вольфганг будет играть на органе собственные каприсы, фуги и другие пьесы. Итак, Моцарт уже выступал перед аудиторией как композитор. В Гааге он сочинил новую симфонию; шесть его сонат для клавира и скрипки, а также некоторые другие произведения были здесь опубликованы (в том числе вариации на старинную нидерландскую песню). На обратном пути из Гааги Моцарты еще давали концерты в Амстердаме и Утрехте.
10 мая семейство Леопольда Моцарта снова оказалось в Париже. Дети опять выступали в Версале, все вокруг восхищались их успехами за прошедшее время, но громкая сенсация уже миновала. Выехав из Парижа 9 июля, Моцарты прибыли в Дижон, где 18 июля состоялся концерт Вольфганга и его сестры, причем он впервые пел арию собственного сочинения. Затем путь их шел через Лион, Женеву, Лозанну, Бёрн, Цюрих, Донауэшинген, Биберах, Ульм, Гюнцбург, Диллинген и Аугсбург. 8 ноября Моцарты добрались в Мюнхен. Там на одном из вечеров курфюрст напел Вольфгангу тему, на которую тот должен был тут же написать пьесу, что и было выполнено с успехом. 29 ноября 1766 года Моцарты наконец были дома.
В Зальцбург маленький Моцарт вернулся утомленным, перенесшим тяжелые болезни, но с массой впечатлений, с переполненной душой. Уехав из дому семилетним клавесинистом, он возвращался опытным в свои десять лет исполнителем на клавесине, органе и скрипке, композитором, исполняющим и публикующим собственные сочинения, включая ранние симфонии.
Меньше года затем провели Моцарты в Зальцбурге. Надо полагать, Л. Моцарт заботился в это время о дальнейшем общем образовании сына, хотя нет никаких точных сведений о том, чему именно и как обучался Вольфганг. Музыкальное развитие его шло все тем же быстрым темпом. Он . много сочинял, явно освобождаясь от подчинения собственным исполнительским задачам, — по преимуществу вокальную музыку. Это определялось и возможностями музыкальной жизни Зальцбурга, и, вероятно, дальнейшими планами Л. Моцарта, стремившегося подготовить сына к созданию оперы — высшему тогда испытанию сил композитора и верному пути к широкому признанию. Так или иначе Вольфганг сочинял для епископского двора так называемые Licenze (панегирические вокальные произведения, обычно в форме речитатива и арии), дивертисменты, трио, марши, менуэты, написал первую часть дидактической оратории «Долг первой заповеди», кантату «Погребальная музыка», латинскую комедию «Аполлон и Гиацинт, или Превращение Гиацинта», а также, по-видимому, симфонию F-dur (KV 76, возможно не целиком — менуэт как будто бы добавлен позднее). Такой выбор жанров, весьма специфический для своего времени, обусловлен особой обстановкой центра духовного княжества. Панегирические произведения предназначены были для прославления архиепископа, оратория — лишена действия и представляла нравоучительные музыкальные «собеседования» (Христианина, Духа Христа, Мирского духа, Милосердия и Праведности), а «Погребальная музыка», исполняемая в соборе на страстной неделе, сводилась к диалогу между Душой и Ангелом и была по назначению «Страстной кантатой» («Passionskantate»). Для одиннадцатилетнего композитора задачи, казалось бы, вставали непосильные и прежде всего далекие от его интересов и детской психики. Но Вольфганг благополучно справлялся с трудностями и подчинялся инициативе отца, который внимательно следил за его работами и по мере необходимости вмешивался в них.