Целая группа произведений, возникших, вероятно, в одно время, создана Бахом для флейты: соната для инструмента соло, три сонаты для клавесина и флейты, три для флейты и клавесина (цифрованный бас), одна для двух флейт и клавесина. Соната для флейты соло по существу является сюитой (аллеманда, куранта, сарабанда, bourrée anglaise), относительно несложной по изложению, но не по исполнительским задачам: одна мелодия призвана восполнить все необходимое для характерности каждой части цикла. Сонаты для флейты и облигатного клавесина примыкают к аналогичным произведениям для скрипки и для гамбы, строятся из четырех или трех (вторая соната) частей, достаточно содержательны и предъявляют к флейтисту полномерные художественные требования. Интересно, что и в этих сонатах, и в сонатах для флейты с невыписанной партией клавира композитор охотно выделяет лирико-идиллическое начало (сицилианы в качестве лирического центра сонат № 1031, № 1035; Largo e dolce в сонате № 1032): подобные образы вообще легко ассоциировались тогда с тембром флейты. Впрочем, Бах не избегает во флейтовых сонатах и вполне индивидуальной у него патетики (Largo e dolce в сонате № 1030, Adagio в сонате № 1033, вступительное Adagio ma non tanto в сонате № 1035). Соната для двух флейт и клавесина (по цифрованному басу) была переработана Бахом для гамбы и клавесина.
Значительно позднее всей группы флейтовых сонат Бах создал свой тройной концерт a-moll для флейты, скрипки и клавесина (в сопровождении двух скрипок, альта и continuo). Это превосходное произведение, и содержательное, и блестящее, возникло на основе более ранних баховских сочинений для клавесина и для органа. Однако здесь не имела места простая пародия, как называли тогда перестановку частей из одной композиции в другую. И клавирную прелюдию-фугу a-moll (№ 894), и Adagio из сонаты d-moll для органа (№ 527) Бах капитально переработал, расширил, развил в фактурном отношении, отчасти изменив даже форму. В основу средней части концерта — Adagio ma non tanto e dolce (она идет у солистов без сопровождения) — положена медленная же часть органной сонаты, но в более насыщенном и колоритном звучании. Из клавирной прелюдии разрослось и укрупнилось первое концертное Allegro, a фуга совершенно преобразилась в финале концерта.
На протяжении всей творческой жизни Бах постоянно обращался к выразительным средствам оркестра или ансамбля инструментов. Духовные и светские кантаты, оратория, пассионы, мессы, инструментальные концерты с различных сторон открывают нам методы его работы в этой области. Оркестр (или инструментальный ансамбль — у Баха нет строгой градации) является в идеале как бы частью общего, совершенного исполнительского «аппарата» (вместе с хором), который свободно и по мере надобности дифференцированно вовлекается в осуществление того или иного творческого замысла. Дифференцированны составы его — от полных с трубами и литаврами до совсем скромных, в сущности камерных ансамблей. Многообразно выделение солистов из общего состава, что особенно хорошо прослеживается в инструментальной части кантат, пассионов и мессы h-moll. В принципе солирующий инструмент в концерте — всегда