Столкнувшись с тревожным всплеском интеллектуальной независимости в университетах, церковные власти вынесли свой приговор. Почуяв в языческой аристотелевско-арабской науке с ее идеями об автономности человеческого разума и богохульном возвеличении природы угрозу обмирщения идеологии, Церковь заняла враждебную позицию по отношению к уже начавшему распространяться антитеологическому мышлению. Сверхъестественные истины христианской веры было необходимо всячески ограждать от поползновений натуралистического рационализма. Аквинату не удалось примирить дошедшие до накала разногласия двух враждующих лагерей, а после его преждевременной кончины (в 1274 году) трещина продолжала увеличиваться. Действительно, уже тремя годами позже в список учений, осужденных Церковью, были включены некоторые из проповедовавшихся Аквинатом. Раскол между воинствующими приверженцами разума и веры со временем лишь усугубился, ибо Церковь, наложив запрет не только на секуляристов, но даже на Аквината, пресекла всякое сообщение между мыслителями-учеными и богословами-традиционалистами, разведя оба лагеря как можно дальше и посеяв в них еще больше недоверия по отношению друг к другу.
Наложенный Церковью запрет, конечно, не положил конца новому мышлению. В глазах многих философов жребий был уже брошен. Ощутив всю мощь аристотелевского интеллекта, они не желали возвращаться к исходному stastus quo. Они видели свой интеллектуальный долг в том, чтобы следовать за критическими суждениями человеческого разума, куда бы они ни повели, даже если это противоречило традиционным истинам веры. Не то чтобы эти истины предполагалось до конца подвергнуть сомнению, но подобные истины вовсе не обязательно оправдывать чистым разумом, имеющим собственную логику, делающим собственные заключения и находящим себе применение в мире, который, возможно, с верой никак не связан. Так наметилось потенциальное отделение философии от богословия. Ящик Пандоры научных исследований, будучи раз открыт, уже не захлопнется никогда.
И все же в эти столетия, завершающие средние века, авторитет Церкви по-прежнему был непоколебим, невзирая на те изменения в доктрине, на которые она шла, не ставя на карту свою культурную гегемонию. Хотя неоднократно вводилась церковная цензура, новые идеи оказались слишком притягательными, чтобы их можно было совсем подавить даже в среде церковников-интеллектуалов. Столетия спустя после смерти Аквината церковная иерархия переоценит его жизнь и труды, и он будет канонизирован как ученый-святой. Все томистские учения будут изъяты из списка осужденных. Признав за Аквинатом необыкновенные заслуги в перетолковании Аристотеля на христианский лад, Церковь примет этот видоизмененный аристотелизм в церковную доктрину, в Аквинате же оценит авторитетнейшего ее излагателя. Таким образом, Аквинат и его последователи узаконят Аристотеля, выверив до мелочей концепцию, объединяющую его науку, философию и космологию с учением христианства. Маловероятно, чтобы без этого синтеза вся мощь греческого рационализма и натурализма могла бы быть настолько полно усвоенной таким всецело христианским миром, каким был средневековый Запад. По мере постепенного приятия Церковью всего корпуса Аристотелевых сочинений они были практически возведены в ранг христианской догмы.
Одновременно с "открытием" Аристореля произошло и возвращение трудов Птолемея по астрономии, разъяснявших классические представления о небесах (согласно которым планеты вращаются вокруг Земли в прозрачных концентрических сферах) и вводивших разнообразнейшие математические хитрости вроде эпициклов, эксцентриков и эквантов. Невзирая на то, что между наблюдениями и теорией по-прежнему продолжали возникать несоответствия, требовавшие новых способов разрешения, птолемеевская система все еще господствовала в науке, будучи из всех известных тогда астрономических систем наиболее изощренной и способной видоизменять отдельные свои элементы, одновременно сохраняя в целостности основную структуру. Прежде всего, она давала убедительное научное объяснение естественным представлениям о Земле как о неподвижном теле, вокруг которого происходят небесные движения. Труды Аристотеля и Птолемея, взятые совокупно, предлагали объемную космологическую парадигму, взявшую все лучшее от классической науки, которая сначала покорила арабскую науку, а ныне охватила западные университеты.