Скептически относясь к общепринятым доктринам и на дух не перенося схоластических силлогизмов, нагроможденных верными последователями Аристотеля (видя в них лишь овеянное ореолом многовекового почитания препятствие на пути к полезному знанию), Бэкон настаивал на том, что для развития науки требуется в корне преобразовать самые ее основы. Истинным основанием познания является естественный мир и те сведения, доступ к которым открыт для человеческих чувств. Заполнять мир воображаемыми целевыми причинами, как это делал Аристотель, или населять его умопостигаемыми божественными сущностями, как это делал Платон, означало заслонять от человека подлинное понимание природы как таковой, коренящееся в непосредственном практическом соприкосновении с ней и в индуктивном, то есть идущем от частного ко всеобщему рассуждении. Тот, кто Ищет познания, не должен отталкиваться от общих определений и словесных разграничений, чтобы следуя методу дедукции, "втискивать" существующие явления в заранее приуготованный порядок. Вместо этого он должен начинать с непредвзятого анализа конкретных данных, и, пользуясь индуктивным методом, идти к подкрепленным эмпирически общим выводам.
Аристотеля и схоластиков Бэкон подвергал критике за то, что они преувеличивают в своих знаниях роль дедукции, тогда как те предпосылки, на которых она строится, вполне могут быть всего лишь измышлениями, порожденными фантазией самого философа и не имеющими никаких оснований в действительности. С точки зрения Бэкона, все, чего может добиться в таком случае чистый разум, — это соткать огромную паутину никчемных абстракций. Истинный же философ, напротив, подступает к изучению реального мира, не имея предварительных сомнительных догадок, предсказаний и предубежденного отношения к результатам. Он очищает свою мысль от любых субъективных искажений. Аристотелевский поиск формальных и целевых причин, вкупе с априорной уверенностью в том, что природа обладает телеологической направленностью и населена архетипическими сущностями, и являют собой пример подобных искажений, обманчивой красотой привлекающих к себе эмоционально настроенные умы. Настала пора отбросить их за ненадобностью, признав их полную эмпирическую непригодность. Пресловутые Формы — всего лишь вымысел философов-традиционалистов, а их многословие скорее затемняет, нежели открывает смысл вещей. Нужно отказаться от предвзятых мнений и плетения словес, обратившись напрямую к естественным вещам и внимательному наблюдению за их порядком. Не следует радостно устремляться навстречу предполагаемым "необходимым" или "окончательным" истинам. Чтобы обнаружить истинный природопорядок, разум должен очиститься от всех внутренних препон и загромождений, избавиться от своей извечной склонности опережать эмпирическое исследование сооружением всяческих рациональных или расцвеченных воображением "воздушных замков". Разум должен научиться смирению и самообузданию. Иначе любая наука будет невозможна.
Полагать, вслед за античными и средневековыми философами, будто мир пронизан божественностью и подчинен такому порядку, который непосредственно открыт умопостижению человека и ведет его прямо к постижению скрытого Божьего Промысла, означало закрывать разуму путь к проникновению в действительные формы природы. Человек может достичь реального успеха в науке, лишь признав границы, отделяющие Бога от его творения, и Божий разум — от человеческого. Таким образом, Бэкон выразил дух Реформации и дух Оккама. От "естественной теологии" классической схоластики должно отказаться как от внутренне противоречивого и в корне ложного смешения религиозной проблематики с проблематикой науки. Каждое царство имеет свои законы и к каждому существует свой ключ. Теология принадлежит царству веры, к царству природы имеет отношение естественная наука, которая должна быть свободна от лишнего груза представлений, взятых из религиозной понятийно-образной системы. Если богословие и естествознание будут находиться на почтительном расстоянии друг от друга, то оба от этого только выиграют, и человек сможет лучше служить Создателю, ибо, постигнув истинные природоначала земного царства, он обретет над ним ту власть, которая и была приуготована ему Господом.