Однако уже на ранних стадиях состоявшегося соглашения между наукой и христианством обнаружилось множество трений и разногласий, ибо, даже если не касаться креационистской онтологии, на которой все еще покоилась новая парадигма, научная вселенная — с ее механическими силами, вещественными небесами и Землей-планетой — все-таки не совсем вписывалась в традиционную христианскую картину мира. Любое открытие, совершенное в этой новой Вселенной, должно было выдержать испытание религиозной верой, а не ограничиваться научными доказательствами. Ведь Земля и род человеческий могут быть средоточием Божьего творения в метафизическом смысле, хотя этому положению и невозможно найти подтверждение со стороны естественной науки, для которой и Земля, и Солнце — лишь два тела среди бесчисленного множества других тел, движущихся в некой безграничной и нейтральной пустоте. "Меня приводит в ужас вечное безмолвие этих бесконечных пространств", — говорил Паскаль — математик, обладавший напряженным религиозным чувством. Христиане-интеллектуалы пытались переосмыслить свои религиозные представления, дабы согласовать их с Вселенной, в корне отличавшейся от античной и средневековой космологии, в пределах которой развивалась христианская религия, однако метафизическая пропасть разверзалась все шире и шире. В ньютоновском космосе эпохи Просвещения рай и ад утратили свое местоположение в физическом измерении, природные явления потеряли свою символическую значимость, а чудеса и волевое вмешательство божественной силы в человеческие дела представлялись все менее правдоподобными, ибо противоречили верховной упорядоченности Вселенной, напоминавшей своей точностью хорошо отлаженный часовой механизм. Однако самые основания христианской веры были слишком глубоко укоренены, чтобы их можно было полностью отвергнуть.
Так возникла психологическая необходимость в картине Вселенной, подчиняющейся двойной истине. Стало подразумеваться, что разум и вера принадлежат к разным царствам, а философы и ученые, наряду с широкими общественными слоями, перестали видеть какую-то связь между научной действительностью и действительностью религиозной. Разум и вера, сплоченные в пору высокого средневековья стараниями схоластиков, в особенности Аквината, — затем, с наступлением позднего средневековья, были разлучены Оккамом и номиналистами: вера устремилась в одном направлении, где впоследствии ее настигли Реформация, Лютер, буквальное прочтение Библии, фундаменталистский протестантизм и католическая Контрреформация; тогда как разум отправился по иному пути — бок о бок с Бэконом, Декартом, Локком, Юмом, эмпирической наукой, рациональной философией И Просвещением. Все поползновения вновь свести веру и разум вместе приводили чаще всего к искажению природы той или другого — например, к ограничению религиозного опыта одним лишь нравственным побуждением в Системе Канта.
Так как и наука, и религия прочно держались на ногах, и в то же время каждая явно смотрела в свою сторону, со всей неизбежностью последовало расщепление христианского мировоззрения: в нем отразился тот метафизический раскол, что заявил о себе не только в обществе, но и внутри личного дознания многих людей. Религию все больше пытались загнать в отдельный "отсек" — как имеющую отношение скорее к внутреннему "я" человека, нежели к внешнему миру, не столько к здешней жизни, сколько к загробной, и уже не ко всем дням недели, а к воскресенью. Разумеется, большинство, как и прежде, исповедовало христианское вероучение и, как будто откликнувшись с новой силой на учения физиков и философов Просвещения об отвлеченной механистической вселенной, в XVII и XVIII столетиях вспыхнул и разгорелся в массах пожар пламенно-эмоциональных религиозных движений: пиетизма — в Германии, янсенизма — во Франции, квакеров и методистов — Англии, в Америке же началась борьба за независимость. Повсеместно бытовала и набожность традиционного христианства: в это время западная религиозная музыка достигла своего апогея в творениях Баха и Генделя (кстати сказать, даты рождения обоих приходятся на месяцы создания Ньютоновых "Начал"). Однако и среди столь разнообразных мнений, сквозь гущу которых научный и религиозный темпераменты торили себе разные пути, отчетливо прослеживался основной курс, взятый культурой в целом: научный рационализм неуклонно поднимался в гору, во всех и старых, и новых областях человеческого опыта в полный голос заявляя о своем превосходстве и главенстве.