Зарождение скептицизма внутри эмпиристской позиции появляется у Локка в его собственной теории познания. Ибо Локк сознавал: невозможно поручиться за то, что все человеческие идеи о различных вещах действительно близки к тем вещам, о которых они предположительно дают представления. Не смог он и свести все сложные идеи — такие, как, например, идея субстанции, — к простым идеям, возбуждаемым в уме различными качествами вещей. В процессе познания участвуют три фактора: разум, физический объект и восприятие, или та умственная идея, которая представляет этот объект. Знание непосредственно имеет дело только с идеей, но не с самим объектом. Объект человек познает лишь опосредованно — через идею. Вне человеческого восприятия находится мир субстанций в движении; поэтому невозможно с абсолютной уверенностью утверждать, будто все те разнообразные впечатления от внешнего мира, которые человек получает в процессе познания, принадлежат самому миру.
Этим проблемам Локк попытался найти хотя бы частичное разрешение, проведя — вслед за Галилеем и Декартом — разграничение между первичными и вторичными качествами вещей: между теми качествами, которые, характеризуют все материальные предметы и поддаются объективному измерению, а именно — вес, протяженность, форма и движение, и теми, о которых свидетельствует только субъективный человеческий опыт, а именно — вкус, звук, запах и цвет. Первичные качества порождают в уме первичные идеи, действительно "подобные" внешнему объекту, тогда как вторичные порождают в уме вторичные идеи, отражающие только особенности восприятия субъекта. Сосредоточившись на измеряемых первичных качествах, наука может достичь надежного знания о материальном мире.
Однако за Локком последовал епископ Беркли. Он указал на то, что если со всей строгостью проводить эмпирический анализ человеческого познания, то следует признать: все качества, фиксируемые человеческим разумом, будь то первичные или вторичные, в конечном итоге переживаются как умственные идеи, и нельзя получить убедительного свидетельства о том, близки ли "действительно" некоторые из этих качеств объективно существующему предмету внешнего мира. В самом деле, нельзя сделать убедительного заключения даже относительно самого существования за пределами разума, порождающего идеи, мира материальных объектов. Ибо не существует надежного и достоверного способа отличить объект от чувственных впечатлений, и поэтому ни о какой умственной идее нельзя сказать, что она "подобна" материальной вещи, а та "присутствует" в разуме через эту идею. Поскольку никто не в силах выйти за рамки собственного сознания, чтобы сравнить идею с реальным предметом, само понятие "подобия" становится беспочвенным. Те самые возражения, которые Локк выдвигал против "подобия" вторичных идей вторичным качествам, оказались приложимы и к первичным "идеям", ибо и те, и другие суть лишь внутренний опыт ума.
Таким образом, учение Локка о подобии идей и качеств вещей оказывалось несостоятельным. Согласно Беркли, всякий человеческий опыт феноменален и ограничен видимостью, предстающей перед разумом. Восприятие человеком природы есть его умственное переживание природы, и, следовательно, всем чувственным данным нужно вынести окончательный приговор как "объектам для разума", а вовсе не подобиям, приближенным к материальным субстанциям. По сути дела, если Локк привел все умственные понятия к единому основанию в ощущениях, то Беркли свел все чувственные данные к умственным понятиям.
Локковское разграничение между качествами, принадлежащими уму, и качествами, принадлежащими материи, не могло быть принято, поэтому епископ Беркли, как лицо духовное осознав последствия такого провала, решил вступить в борьбу с течением, несшим философию в сторону "атеистического материализма", который набирал в ту пору, наряду с современной наукой, большую силу, что, по мнению Беркли, было недопустимо. Эмпиристы, по мнению Беркли, утверждают, что любое знание покоится на опыте. Однако в конечном итоге, продолжал Беркли, любой опыт не более чем опыт — все умственные подобия подразумеваемых материальных субстанций оказываются лишь умственными идеями, — и, следовательно, существование материального мира, внешнего по отношению к разуму, является допущением, лишенным всякого ручательства. С определенностью можно утверждать лишь существование разума и его идей, в том числе тех идей, которые по видимости отображают материальный мир. Со строго философской точки зрения, "быть" означает не "быть некой материальной субстанцией", но скорее "восприниматься разумом" (esse est percipi).