Вместе с тем, эта двойственность парадоксальным образом усугублялась и принимала новый смысл в некоторых местах Евангелия от Иоанна — последнего из четырех Евангелий по времени написания (ближе к концу I века) и наиболее теологически разработанному. Поскольку Второе Пришествие не произошло тогда, когда этого ожидало первое поколение христиан, тот дуализм, что несколько преждевременно проявился у синоптиков, под влиянием Евангелия от Иоанна начал обретать более мистические и онтологические измерения. Видение Иоанна насквозь пронизано антитезой света и тьмы, добра и зла: эта космическая расщепленность оказывалась вполне приложимой к дуализму материи и духа, конкретизировавшему и углублявшему различие между трансцендентным царством Христа и миром, находившимся во власти Сатаны. Невзирая на то, что "совершенная эсхатология" Иоанна (имеется в виду его учение о том, что спасительный конец истории уже наступил — немедленно вслед за воскресением) подтверждала настоящую причастность человека прославлению Христа, — она все более понималась скорее как причастность духовная, стоящая по ту сторону материального мира и физической телесности, которые тем самым лишались своей значимости для процесса искупления и даже начинали выступать своего рода препятствием на его пути. Подобный мистико-онтологический дуализм был подхвачен и далее развит гностиками, а также неоплатоническим течением внутри христианской теологии: подтверждение ему видели в постоянно отодвигающихся исторических сроках Парусии. Но, тогда как гностики полагали, что приблизить это трансцендентное присутствие может эзотерическое знание, а неоплатоники отводили эту роль мистическому прозрению или озарению, — основное русло христианской традиции, предвосхищавшее во Втором Пришествии необходимое разрешение, возлагало такую посредническую роль на указующую путь Святую Церковь.
Таким образом, Евангелие от Иоанна подтверждало существование единства Христа с каждым верующим уже в настоящем — правда, ценой подразумевающегося онтологического дуализма. Кроме того, невзирая на основополагающие утверждения Иоанна о том, что "Слово стало плотью", то абсолютное величие ослепительной божественности, каким в Евангелии от Иоанна наделяется Христос (а он изображается там с самого начала его служения уже как возвышенный и осиянный славой Господь), казалось, намного превосходит все настоящие возможности людей, высвечивая тем самым духовную неполноценность и темноту естественного человека и природного мира. Церкви же предстояло преодолеть сию разверзшуюся пропасть, выступая в качестве божественного представительства непрерывного присутствия Христа в мире, а также орудия и средства посвящения человечества в таинства. Христос — каким он предстает у Иоанна — мистическим образом открыт человеческому бытию: всякий, кто соблюдает его заповеди любви и признает его Сыном Божьим, может стать сопричастным узам, единящим его с трансцендентным Отцом. Однако эти исключительные взаимоотношения проводили грань между посвященными и всеми остальными — теми, кто принадлежит "миру сему": подобные границы уже отделяли гностическую элиту от большинства человечества, которому будто бы так и не дано обрести искупление, или просвещенного философа от непросвещенных, или — в более широком контексте христианской традиции — тех, кто пребывает внутри Церкви, ото всех, находящихся вне ее. Это разделение лишь подхватило и усилило ту тенденцию, что проходит через весь Ветхий и Новый Заветы, а именно — рассматривать спасение, прибегая к понятию избранного меньшинства верующих, которые единственно и дороги Богу и которые по его доброй воле будут спасены — в отличие от прочей массы людей, по природе своей противящихся Богу и осужденных проклятию.