Поскольку все вещи переходят друг в друга, то каждый раз одна и та же вещь является и не является самой собой. Поэтому вещи всегда несут в себе противоположные свойства. Если день переходит в ночь, а ночь переходит в день, то когда-то одновременно существует и день и ночь. Если жизнь становится смертью и соответственно наоборот, то человек живет для смерти и умирает для того, чтобы человек жил: «…одни живут за счет смерти других, за счет жизни других умирают» (фр. 47а). Поэтому все в мире полно противоположностей, и Гераклит на эту тему также весьма часто высказывается. Так, Псевдо-Аристотель указывает: «Смысл изречения Гераклита-темного: „сопряжения: целое и нецелое, сходящееся расходящееся, созвучное несозвучное, из всего — одно, из одного — все“» (фр.25а). Гераклит считал, что все находится в гармонии друг с другом, как находятся в гармонии лук и лира (имеется в виду гармония сил и покоя): «Враждебное находится в согласии с собой: перевернутое соединение, как лука и лиры» (фр.27а). Лук с натянутой тетивой несет в себе огромную энергию, а стрела, выпущенная из лука, несется с огромной скоростью, однако в натянутом луке мы видим всего лишь покой. Так же и лира: звук из нее издается лишь благодаря тому, что струны сильно натянуты. Поэтому все возникает и все существует через противоположности. Таким образом, война, как указывает Гераклит, общепринята, вражда — обычный порядок вещей, все возникает через вражду и взаимообразно, т. е. за счет другого: «Война — отец всех, царь всех» (фр.29а).
Однако то, что происходит в мире, происходит неслучайно. Миром управляет некий логос. Возможно, под логосом Гераклит понимал не то, что понимается в христианстве, а просто некое слово, речь. И Гераклит сказал свою фразу о логосе только лишь вследствие своего презрения к толпе. Негативное отношение к людям, конечно же, в этой фразе существует. Вот как этот фрагмент, один из самых известных, звучит: «Этот вот логос сущий вечно люди не понимают и прежде чем выслушать его, и выслушав однажды. Ибо, хотя все люди сталкиваются напрямую с этим вот логосом, они подобны не знающим его, даром что узнают на опыте точно такие слова и вещи, какие описываю я, разделяя их согласно природе и высказывая их так, как они есть. Что ж касается остальных людей, то они не осознают того, что делают наяву, подобно тому как этого не понимают спящие» (фр.1). Об эзотеризме Гераклита, о его негативном отношении к толпе говорится довольно часто: «Те, кто слышали, но не поняли, глухим подобны» (фр.2), «Большинство людей не мыслят вещи такими, какими встречают их, и, узнав, не понимают, но воображают» (фр.3) и т. д. По всей видимости, именно такое отношение Гераклита к философии и к людям привлекало в этом философе Фридриха Ницше, который также был уверен в своем высшем предназначении.
Первоначалом мира, по Гераклиту, является огонь. Мир не вечен и через каждые 10 800 лет сгорает (10 800 лет — это мировой год, его длительность получается от перемножения количества дней в году (360) на 30 — количество лет, за которое одно поколение сменяет другое). Из огня возникает следующий мир на основании обычных превращений: огонь превращается в воздух, воздух — в воду, вода — в землю. Таким образом, космос в целом вечен, его «не создал никто из богов, никто из людей, но он всегда был, есть и будет вечно живой огонь, мерно возгорающий, мерно угасающий» (фр.51). Таким образом, логос, управляющий миром и составляющий его начало, также имеет огневидную природу. Собственно говоря, неудивительно, что, утверждая вечное изменение и полагая, что все состоит из противоположностей, Гераклит выбирает в качестве первоначала огонь, ибо ни одна из других стихий — ни вода, ни воздух, ни земля — не находится в вечном движении и изменении так, как огонь. Любая стихия может остановиться, застыть, огонь же всегда подвижен. Поэтому и основа этого вечного, непрекращающегося движения — огонь. Впоследствии это учение возобновится в стоической философии.
В отношении души Гераклит высказывает различные мнения. Иногда он говорит, что душа есть воздух, иногда — что душа есть часть логоса и огонь. Поскольку душа есть, с одной стороны, воздух, а с другой — имеет в себе огневидное начало, то «сухая душа — мудрейшая и наилучшая» (фр.68). И наоборот, глупая, плохая душа — душа влажная. Жить нужно согласно разуму, логосу, который правит миром и который содержится в нашей душе. А «большинство [людей] живет так, как если бы у них был особенный рассудок» (фр. 23). Поэтому люди «не осознают того, что делают наяву, подобно тому как этого не помнят спящие» (фр. 1). Гераклит, таким образом, неявно признал существование некоторых законов мышления, не придав этому того значения, которое придаст Аристотель.