Фома Аквинский согласен с Аристотелем и Платоном, что человеку доступно познание лишь общих сущностей. Единичное, индивидуальное бытие, конкретный предмет познанию недоступен. Об индивидуальном предмете можно иметь лишь мнение, а не истинное знание. С этим согласен и Фома Аквинский, утверждавший, что общее, о котором у нас существует знание, проявляется в конкретных индивидуальных вещах в виде их сущности. Сущность (essentia) есть у всего существующего, у каждого индивидуального предмета (existentia). Сущность выражается в определении. Поэтому, давая определение вещи, мы познаём ее сущность, но сущность еще не означает существование вещи. Сущность и существование совпадают лишь в Боге, только Бог является таким существом, в котором из сущности вытекает существование. Это совпадение достигается в Боге потому, что Бог прост. Чувственный же мир непрост, и поэтому сущность отличается от существования. В силу этого необходима причастность вещей некоторой сущности. Следовательно, сама сложность нашего мира говорит, что должна существовать некоторая простая сущность, которая и обеспечивает существование нашего мира.
Поскольку Бог прост и есть своя собственная сущность, то Его нельзя определить. Таким образом, Фома Аквинский подводит логическое основание под отрицательную, апофатическую теологию. Сущность вещи, которую мы выражаем в определении, конкретизируется и познается в форме. Форма выражает познаваемость вещи, ее общее содержание, родовую сущность, а индивидуальность конкретному предмету придает материальное начало. Поэтому единичная вещь есть всегда единство формы и материи. При этом действующим началом является форма, а материя абсолютно пассивна.
У Аристотеля приблизительно так же взаимодействуют форма и материя. Однако Аристотель представляется в этом случае менее последовательным, чем Фома Аквинский, ибо, утверждая, что материя является пассивным началом, Аристотель утверждает вечность первоматерии. Фома поправляет Аристотеля и говорит, что если материя пассивна, то она не может обладать самостоятельным бытием. Бытие у материи должно быть также приходящим, т. е. материя должна быть сотворена Богом.
Бог творит и материю и форму. Формы бывают материальными, соединенными с конкретными вещами, и нематериальными, бестелесными. Не обошел Фома Аквинский и знаменитую проблему универсалий. Как и во многих положениях, он старался положить конец бесконечным спорам. В вопросе об универсалиях Фома Аквинский высказывался так же, как Ибн Сина. Существует три рода универсалий. Во-первых, универсалии существуют в самих вещах (in rebus), и они составляют сущность этих вещей. Это непосредственная универсалия. Во-вторых, универсалии существуют и в человеческом уме, который путем абстрагирования извлекает при помощи активного ума универсалии из конкретных вещей, так что универсалии существуют и после вещей (post res). Эти универсалии Фома называет «мысленными универсалиями». В-третьих, универсалии существуют и в Божественном уме, до вещей (ante res). Эти универсалии и есть идеи, или первоначальные формы, содержащиеся в Божественном уме, и лишь Бог является первопричиной всего сущего, только Он мыслит в Себе образцы всех вещей. Таким образом, Фома Аквинский примиряет позиции и крайних и умеренных реалистов, и номиналистов, утверждая, что правы все и что универсалии существуют и в Божественном уме, до вещей, и в самих вещах, и после вещей, т. е. в человеческом уме.
В то время благодаря усилиям латинских аверроистов широко обсуждалась проблема, познаёт ли Бог материальный мир. Понятно, что эта проблема имеет не только философские, но и важные религиозные следствия. Ведь если Бог не познаёт наш мир и индивидуальные предметы в нем, то Он не знает и каждого конкретного человека, поэтому бессмысленны и действия человека, и молитва, и само существование Церкви в этом мире.
Фома Аквинский рассматривает доводы аверроистов, что Бог не познаёт мир. Во-первых, утверждают аверроисты, единичное — материально, а материальное не может быть познано ничем нематериальным, ведь подобное познаётся подобным. Во-вторых, единичные вещи невечны, они существуют не всегда, поэтому их не может познать вечное существо. В-третьих, единичные вещи случайны, поэтому познание их возможно лишь тогда, когда они существуют, а когда они не существуют, знание о них невозможно. В-четвертых, некоторые вещи существуют потому, что они созданы конкретным человеком, поэтому как может знать Бог то, что известно лишь этому человеку? В-пятых, число вещей бесконечно, а бесконечное непознаваемо (аристотелевский аргумент). В-шестых, конкретные вещи слишком ничтожны и не заслуживают внимания Бога. И, в-седьмых, некоторые предметы заключают в себе зло, а Бог не может познавать то, чего в Нем нет.