Трактаты Плотин писать стал не сразу, но лишь по просьбе учеников стал записывать те рассуждения, которые приходили ему в голову. Заглавий к ним он не давал, поэтому ученики озаглавливали их сами. Порфирий перечисляет эти названия: «О прекрасном», «О бессмертии души», «О судьбе», «О сущности души», «О трех начальных субстанциях», «О двух материях», «О качестве», «О диалектике», «О силе и действии», «Против гностиков» и т. д. — всего насчитывается 54 трактата, хотя в действительности их было иное количество. Порфирий, получив после смерти своего учителя наследство в виде письменных его работ, решил их издать. Он пишет, что число 54 его поразило тем, что оно делится на 6 и на 9 — оба числа являются совершенными, что показывает совершенство всех трактатов Плотина. В действительности это не совсем так, потому что некоторые трактаты Порфирий разбил на несколько частей, а другие, наоборот, объединил в один, так что число 54 получилось у него достаточно искусственно.
Эти трактаты Порфирий объединил в шесть групп, в каждой группе по девять. Девять по-древнегречески будет «эннеа» (ἐννέα), поэтому трактаты получили название «Эннеады» (т. е. девятки) — так и называются работы Плотина во всей их совокупности. Разбил их Порфирий следующим образом: в первую эннеаду он включил трактаты, посвященные этике, во вторую — посвященные предметам физическим и обнимающие то, что относится к космосу, третья эннеада, также посвященная космосу, охватывает смежные с ним предметы — то, что мы бы назвали натурфилософией, философией природы, четвертая посвящена работам о Душе, пятая — работам об Уме, шестая, наиболее объемная эннеада, включает работы о Едином.
Место, занимаемое трактатом в эннеаде, у Порфирия неслучайно. Как сам пишет, он расположил их, «в каждой начиная с вопросов менее значительных». Однако, думается, это не совсем так, и их можно расположить несколько иначе. Так, например, трактат «О трех первоначальных субстанциях», помещенный первым в пятой эннеаде (V.1), в действительности чрезвычайно важен для понимания всей философии Плотина. Это, пожалуй, единственный трактат, в котором Плотин делает попытку изложить систему своей философии. Обычно он рассуждал о каком-нибудь конкретном вопросе, но при этом приводил в действие весь арсенал своей философии. Поэтому в любой работе Плотина в сжатой форме содержится вся его философия. Проблема герменевтики, ставшая наиболее популярной в XX в. (особенно герменевтического круга), для Плотина актуальна как ни для кого из философов: для того чтобы знать всю философию Плотина, нужно читать его работы, посвященные конкретным проблемам, а для того чтобы понимать эти проблемы, нужно знать всю его философскую систему. Плотина часто считают одним из наиболее сложных философов. Язык, которым написаны его трактаты, часто непонятен, очевидно, что писал он их не в педагогических целях, как учебник для студентов, а скорее записывал их для себя или для тех своих учеников, которые уже всё знали из устных занятий и которым эти работы скорее нужны были для того, чтобы повторить то, что было уже им известно. Поэтому читать Плотина довольно трудно, и так же как и Гераклита, его называют «темным философом».