Все эти источники неурядиц встретили в лице Григория энергичного и проницательного врага. До его понтификата епископ Римский, хотя за ним и признавалось первенство в церковной иерархии, не пользовался никакой юрисдикцией за пределами своей епархии. Например, св. Амвросий, который находился в наилучших отношениях с папами своего времени, безусловно, никогда не считал себя в какой бы то ни было мере подчиненным их власти. Григорию частично благодаря его личным качествам, частично же благодаря царившей в те времена анархии удалось успешно утвердить власть епископа Римского, которая была признана церковниками на всем Западе и даже, хотя и в меньшей мере, на Востоке. Григорий осуществлял эту власть в основном посредством писем, которые он направлял епископам и светским правителям во все концы римского мира, но также и другими методами. Его книга «Правило пастырское», содержащая наставления епископам, пользовалась огромным влиянием на протяжении всего раннего Средневековья. Она была задумана как руководство в том, как должны исполнять свои обязанности епископы, и именно в качестве такого руководства получила признание. Первоначально Григорий написал свою книгу для епископа Равеннского и послал ее также епископу Севильскому. В правление Карла Великого она вручалась всем епископам, когда их посвящали в сан. Альфред Великий перевел книгу Григория на англосаксонский язык. На Востоке она распространялась в греческом переводе. В своем руководстве Григорий дает епископам здравые, чтобы не сказать поразительные, наставления, вроде того, что они не должны пренебрегать своими обязанностями. Он указывает им также, что они не должны осуждать своих правителей, но должны беспрестанно напоминать им об опасностях адского огня, если они не будут следовать наставлениям церкви.
Необычайный интерес представляют письма Григория, ибо они не только раскрывают его личность, но и дают картину века, в который он жил. К корреспондентам своим (кроме писем, адресованных императору и придворным византийским дамам) Григорий обращается в тоне директора школы: иногда наставительно, часто порицательно и никогда не обнаруживая ни малейшего сомнения относительно своего права отдавать повеления.
Возьмем в качестве примера письма, относящиеся к одному году (599). Первое письмо обращено к епископу Кальяри (в Сардинии), который, несмотря на свои преклонные годы, был дурным пастырем. В письме, в частности, говорится: «Мне было поведано, что в воскресный день, прежде чем отслужить праздничную мессу, ты отправился в поле, дабы вспахать жниво подателя сего письма… А также, что после окончания праздничной мессы ты не убоялся вырвать межевые знаки сего владения… Мы желаем пощадить твои седые волосы, а потому упреждаем: одумайся, наконец, старе, воздержись от столь легкомысленного поведения и столь злонамеренных деяний». Одновременно Григорий обращается по тому же вопросу к светским властям Сардинии. Упомянутый епископ заслуживает, далее, укора за то, что он взимает налог за проведение похорон, и еще за то, что с его разрешения новообращенный еврей поместил крест и икону Богоматери в синагоге. Кроме того, о нем и других сардинских епископах стало известно, что они путешествовали без соизволения своего архиепископа; с этим надо покончить. Затем следует необычайно резкое письмо проконсулу Далмации, в котором, среди прочего, говорится: «Мы не усматриваем, в чем ты выполняешь свой долг перед Богом или людьми»; и далее: «Когда ты бы действительно искал нашего расположения, как в том уверяешь, то ты должен был бы всем сердцем и всею душою, со слезами на очах, подобающим образом выполнять свой долг перед Спасителем в таких делах, как эти». Не знаю уж, в чем провинился несчастный.
Следующее письмо обращено к Каллинику, экзарху Италии, которого Григорий поздравляет с победой над славянами и наставляет, как вести себя по отношению к еретикам Истрии, совратившимся с пути истинного в вопросе о «трех главах». По этому же вопросу Григорий обращается к епископу Равеннскому. Один-единственный раз, в порядке исключения, мы обнаруживаем письмо епископу Сиракузскому, в котором Григорий защищается от нападок, вместо того чтобы нападать самому. Спор разгорелся по вопросу первостепенной важности, а именно – следует ли в известный момент мессы произносить «аллилуйя». Григорий заявляет, что установленный им обычай принят не из раболепия перед византийцами, как намекает епископ Сиракузский, а заимствован у самого св. Иакова через посредство блаженного Иеронима. Те же, кто думал, будто Григорий безмерно раболепствовал перед греческим обычаем, были поэтому не правы. (Подобный вопрос явился одной из причин схизмы старообрядцев в России.)