Начало и конец жизни Иоанна Скота неизвестны; мы располагаем сведениями лишь о среднем периоде, когда он состоял на службе у французского короля. Принято считать, что Иоанн Скот родился около 800 года, а умер около 877 года, но обе эти даты чисто предположительны. Его пребывание во Франции приходится на понтификат Николая I, и в биографии Иоанна Скота мы вновь встречаемся с теми лицами, которые упоминались в связи с этим папой: Карлом Лысым, императором Михаилом и самим папой.
Иоанн был приглашен во Францию Карлом Лысым около 843 года и поставлен им во главе придворной школы. Между монахом Готтшальком и видным сановником Реймсским архиепископом Гинкмаром разгорелся спор по вопросу о предопределении и свободе воли. Монах был сторонником предопределения, архиепископ стоял за свободу воли. Иоанн поддержал архиепископа в трактате «О божественном предопределении», но в этой поддержке он зашел чересчур далеко за рамки благоразумия. Тема была щекотливой; ее касался Августин в своих сочинениях против Пелагия; но было опасно соглашаться с Августином и еще опаснее – открыто выступать против него. Иоанн выступил в поддержку принципа свободы воли, и это могло бы пройти безнаказанно, но тот факт, что аргументация его носила чисто философский характер, вызвал негодование. Это не значит, что Иоанн открыто выступал против чего-либо принятого в теологии; но он отстаивал мнение, что философия является равным или даже высшим авторитетом, независимым от откровения. Иоанн настаивал, что разум и откровение – это два источника истины и потому не могут противоречить друг другу; но если иной раз они
Однако Иоанн Скот избежал наказания благодаря поддержке короля, с которым он, видимо, был на дружеской ноге. Если можно доверять сообщению Уильяма Малмсберийского, то однажды король, когда Иоанн обедал с ним, спросил: «Что отделяет Скота от скота?», на что Иоанн ответил: «Только ширина обеденного стола». В 877 году король умер, и после этой даты об Иоанне ничего не известно. Некоторые полагают, что он также умер в этом году. Существуют легенды, что Альфред Великий пригласил его в Англию, что он стал аббатом Малмсбери или Ателни и был убит монахами. Однако, по-видимому, это несчастье приключилось с каким-то другим Иоанном.
Следующим трудом Иоанна был перевод с греческого из псевдо-Дионисия. Это произведение пользовалось огромной славой в период раннего Средневековья. Когда св. Павел проповедовал в Афинах, то «некоторые же мужи, пристав к нему, уверовали; между ними был Дионисий Ареопагит» (Деян. 17; 34). Это все, что известно об этом человеке ныне, но в Средние века о нем знали куда больше. Он совершил поездку во Францию и основал аббатство Сен-Дени; так по крайней мере уверял Гильдуин, бывший его аббатом как раз накануне прибытия Иоанна во Францию. Кроме того, Дионисию приписывали авторство важного сочинения, целью которого было примирить неоплатонизм с христианством. Дата написания этого сочинения неизвестна; это было, безусловно, до V века и после Плотина. На Востоке оно пользовалось широкой известностью и славой, но на Западе было известно лишь немногим, пока в 827 году греческий император Михаил не послал экземпляр этого сочинения Людовику Благочестивому, который передал его вышеупомянутому аббату Гильдуину. Гильдуин, полагая, что оно и в самом деле написано учеником св. Павла – мнимым, основателем аббатства, сгорал от любопытства узнать, что в нем рассказывается, но никто не мог перевести его с греческого языка, пока не появился Иоанн. И Иоанн выполнил перевод, что должно было доставить ему истинную радость, ибо его собственные взгляды оказались очень близкими взглядам псевдо-Дионисия; последний начиная с этого времени оказывал значительное влияние на развитие католической философии на Западе.
В 860 году перевод Иоанна был послан папе Николаю. Папа разгневался на то, что труд опубликовали, не испросив у него предварительно разрешения, и приказал Карлу послать Иоанна в Рим, – приказ, который был пропущен мимо ушей. Что же касается содержания, и особенно учености, обнаруженной в переводе, то папе не к чему было придраться. Его библиотекарь Анастасий, блестящий знаток греческого языка, которому папа передал перевод Иоанна на заключение, пришел в изумление, что человек из далекой и варварской страны мог обладать такими глубокими познаниями в греческом языке.