Прежде всего необходимо отметить, что, во-первых, Фихте и не разрабатывал натурфилософию; во-вторых, отдельные элементы "трансцендентального учения о природе" получили положительную оценку у физиков, которые искали в философии Фихте не конструирование надуманных связей, а те диалектические идеи, которыми пропитывалось естествознание, особенно во второй половине XIX века. "...Почти каждый новый шаг в развитии естествознания, - говорил В. Гейзенберг в своём докладе "К истории физического объяснения природы", прочитанном на заседании Саксонской академии наук 19 сентября 1932 года, - достигается ценой отказа от чего-либо предшествующего... Таким образом, по мере расширения знаний у учёных в известной степени уменьшаются притязания на полное познание мира. Наблюдение природы человеком обнаруживает здесь близкую аналогию с индивидуальным актом восприятия, которое можно, подобно Фихте, рассматривать как самоограничение Я. Это означает, что в каждом акте восприятия мы из бесконечного множества выбираем только какую-либо определённую возможность и тем самым ограничиваем число возможностей для будущего" (Гейзенберг В. Физика и философия. Часть и целое. - М.: Наука, 1989. - С. 389).
Среди понятий философии Гейзенберга, как известно, существенную роль играют понятия структуры мышления, центрального порядка, замкнутой теоретической системы. Но чаще всего Гейзенберг пользовался понятием границы, которая означала у него некий горизонт, т.е. то, что ограничивает не особую область в мире природы или культуры, а особый мир, особое "всё" (См: Ахутин А.В. Вернер Гейзенберг и философия //Гейзенберг В. Физика и философия. Часть и целое. - С. 388).
Анализ вышеприведённого текста Гейзенберга показывает, что он стремился развить именно ту идею Фихте, которая отталкивалась от очень важной для понимания логической ситуации неклассической физики стороны кантовского рассмотрения экспериментального мышления. "Освобождая (в пределе) опыт от эмпирических ограничений, эксперимент накладывает на него ограничения условиями идеализации (например, механической идеализации). Он испытывает не только предмет в горизонте такой идеализации, но и реальную универсальность этого горизонта, испытывает теоретическую (идеальную) всеобщность теории - в горизонте бытия предмета" (Там же. - С. 377).
Уже студенты, слушавшие Фихте, уловили принципиальную разницу между натурфилософией и натурфилософией, разработанной на основе принципов наукоучения, или трансцендентальным учением о природе. "Но беседа с ним на эту тему, - вспоминал А. Твестен, - убедила меня быстро, что его натурфилософия будет ни чем иным, как выведением субъективных условий рассмотрения, например, пяти чувств... Но это не даёт ему ничего, кроме: 1) некоторого качества; 2) появления какого-либо чувства для восприятия этого качества" (J.G. Fichte im Gesprach... Bd. 4. S. 325). А. Твестен продолжает далее, что если фихтевская натурфилософия на этом не закончит, то она впадёт в такую же произвольность, в "которой Фихте обоснованно упрекает Шеллинга" (Ibid).
Первые натурфилософские сочинения Шеллинга - "Идеи по поводу философии природы" (1797 г.), "О мировой душе" (1798 г.) воспринимались Фихте в плане развития идеи наукоучения. Но уже осенью 1800 года Шеллинг начинает иначе смотреть на философию Фихте (См.: Гайденко П.П. Указ. соч. - С. 175). Шеллинг и его школа выдвигают отсутствие натурфилософии как решающий аргумент против наукоучения (Lauth R. Die transzendentale Naturlehre... - S. XIII). И для профессоров Йены, не принадлежавших к партии Шеллинга, и даже для учеников Фихте являлось несомненным то, что "он (Фихте. А.Л.) ничего не знает во многих областях философии, хотя бы о последних основаниях естествознания (J.G. Fichte im Gesprach... Bd. 3. - S. 201), Другие были более чем категоричными, когда утверждали, что Фихте - "настоящий невежда во всём, что касается физики и природы" (Ibid.: S. 418). Так судил о нём в 1806 году Ф. Баадер в письме к Ф. Якоби.
Все эти отзывы породили предубеждение против наукоучения, продолжающее существовать до сегодняшнего дня. Но, может быть, в такой оценке наукоучения был повинен сам Фихте? В одной из лекций зимнего семестра он говорил своим слушателям следующее: "существует натурфилософия априори. Она будет разрабатываться. Но я считаю себя к этому неспособным" (Цит. по: Lauth R. Ibid.: S. XIV). Полтора года спустя он писал Шеллингу: "Ваши, свойственные только Вам работы о натурфилософии я изучил совсем не настолько, чтобы считать себя способным высказать о них какое-либо суждение. [...] Что касается меня, то мне также трудно и чуть ли ещё не труднее разобраться в чужой системе, нежели самому построить свою. Поэтому в отношении натурфилософии моим намерением было и остаётся когда-нибудь самому её разработать" (Цит.по: Lauth R. Ibid.: S. XIV).