В результате этих изменений проекта в декабре 1951 года было решено, что промежуточный вариант получит обозначение F-102A, а "окончательный" – F-102B. Кроме того, сдача первого F-102A на заводе в Сан-Диего была запланирована на июнь 1953 года, а что касалось F-102B – тогда предполагалось, что принципиальных отличий в конструкции между двумя вариантами не будет – его готовность определялась по мере возможности. Но в последствии компоновка F-102B претерпела существенные изменения, и в конце концов этот вариант получил обозначение F-106A, а его поступление на вооружение состоялось аж в мае 1959 года. Такое долгое проектирование было результатом затянувшейся борьбы с многочисленными проблемами. Что касается F-102A, то он имел проблем не меньше, причем большинство из них было связано не столько собственно с проектированием, сколько с теорией аэродинамики и механики.
Но к началу 1952 года все это было еще в будущем, проект успешно продвигался… Первый намек на будущие неприятности появился в ноябре, когда предстояло пройти барьер макетной комиссии. Помимо некоторых второстепенных изменения ВВС потребовали установку на F-102 внешних подвесок вооружения. Пересмотру подверглась и компоновка кабины, так как к концу 1952 года стало ясно, что никаких надежд на установку полной системы MX-1179 нет. В результате было решено установить менее сложную систему управления огнем "Хьюз" Е-9, позже получившую обозначение MG-3.
Как будто этого было мало, на проект "Конвэр" обрушились более серьезные неприятности – "полез" вес. Перетяжеленность самолета достигла неприемлемого уровня. Мощности двигателя J-40 уже не хватало для обеспечения требуемых летных характеристик. Как следствие, было решено перейти на более мощный двигатель "Пратт & Уитни" J-57-P-11. Тяга этого двигателя достигала 4944 кг (6577 кг на форсаже), но он был тяжелее. Также к росту взлетного веса привели решения установить новую систему управлением огнем и внешние подвески вооружения.
Но еще большие проблемы выявили продувки, проведенные NACA в конце 1952 года и в начале 1953. Оказалось, что расчеты "Конвэр" в отношении летных характеристик и дальности полета были явно неточны, в первую очередь из- за слишком оптимистичной оценки аэродинамического сопротивления. Однако компания в течение нескольких месяцев упорно игнорировала полученные результаты. Это упрямство привело к дополнительной потери времени.
Несмотря на появление многочисленных проблем, проект сделал важный шаг вперед – 12 июня 1953 года вместо первоначального соглашения был подписан официальный контракт на начало серийного производства. В нем еще прозвучал и отголосок принципа "сэндвича" – до окончания полной программы испытаний предполагалось выпустить 42 машины. Однако в контракте нашли свое отражение и возникшие задержки. Так "Конвэр" была вынуждена отодвинуть планы начала ограниченного производства до апреля 1954 года, а массовый выпуск ожидался не раньше декабря 1955 года, то есть примерно на два года позже первоначальных планов.
Упрямство "Конвэр" в отношении результатов полученных NACA протянулось до лета 1953 года, когда компания поняла наконец, что ее первоначальные расчеты были слишком оптимистичны. Но даже после этого никаких попыток изменить что-либо не предпринималось до 1954 года. К этому времени разбился первый опытный экземпляр, и только тогда были получены объективные данные, что в существующем виде F-102 не сможет достигнуть ни заданного числа Маха, ни заданного потолка. А ведь эти характеристики были ключевыми в контракте.
Сборка первого опытного YF-102 (52-7994) осуществлялась на заводе "Конвэр" в Линдбе-Филд, Сан-Диего. Далее самолет был перевезен на базу ВВС Эдвардс. Здесь самолет и совершил свой первый полет 24 октября 1953 года, хотя это событие и было встречено со смешанными чувствами всех тех, кто участвовал в проекте. Неподдельное ликование в значительной мере было омрачено пониманием того, как много еще предстояло сделать, чтобы довести F-102 до требований ВВС. А вскоре, всего лишь неделю спустя – 2 ноября после аварии самолета среди руководства компании и ее служащих вообще наступила депрессия. Причиной потери опытного самолета всего лишь в седьмом полете стал пожар двигателя на взлете. Тем не менее 11 января 1954 года полеты возобновились на втором YF-102 (52-7995). Испытания вскоре показали, что характеристики "Дельта дэггер" были ниже желаемых.
Было ясно, что необходима полная переработка базовой конструкции самолета – решение безусловно болезненное. Но оно было еще больше осложнено тем, что опытный самолет строился параллельно с заказом большинства оборудования для серийного производства. И уже никакие положительные идеи метода "сэндвича" не могли ничего поделать с тем, что две трети из 30000 единиц оборудования и инструментов, заказанных к октябрю 1953 года, оказались бесполезным ломом. В результате компании после выпуска уже заложенных 8 YF-102A, ничего не оставалось, как пустить оборудование на слом.