В отличие от предшествующих вариантов F-100D был чистым истребителем-бомбардировщиком и довольно заметно отличался от своих предшественников. Среди наиболее заметных изменений были: увеличение площади крыла и вертикального оперения; установка дополнительного электронного оборудования, включая систему управления огнем МА-3, автопилота МВ-3 "Минеаполис-Хонивелл", освободивших летчика для выполнения тактической задачи; новая система дозаправки в воздухе и закрылки на консолях. Первые варианты F-100 не имели закрылков – чтобы исключить реверс элеронов, их сдвинули к фюзеляжу. В результате места для посадочной механизации не осталось. Посадочная скорость F-100C доходила до 330 км/ч. В результате на "Супер Доге" и были установлены закрылки со сдувом пограничного слоя и тормозной парашют. Встраиваемое вооружение не изменилось и состояло из четырех 20- мм пушек "Пантиак" М-39Е с 200 патронами на ствол, но варианты внешней нагрузки для F-100D значительно расширились. Максимальная бомбовая нагрузка возросла до 3193 кг в различных комбинациях из ракет "воздух-воздух" AIM-9 "Сайдуиндер", "воздух-земля" AGM-12 "Буллпап", неуправляемых ракет, напалма, обычных и кассетных бомб, а также атомного оружия – бомб Мк.7, Мк.28, Мк.43, Мк.57 и Мк.61. Система дозаправки "штанга-конус" была сохранена как основная.
Начало проектирования F-100D относится к маю 1954 года, когда были выданы требования тактического командования на более эффективную версию истребителя- бомбардировщика. Предложение "Норд Американ" оказалось достаточно обещающим, чтобы получить в октябре 1954 года контракт на начало производства. Производство F-100D (54-2121) началось в июле 1955 года в Инглвуде, Калифония. Этот самолет был принят ВВС США в ноябре согласно плана, но первый полет он совершил 24 января 1956 года. Тем временем в Колумбусе, штат Огайо была подготовлена вторая линия по производству F-100D. Первый из 334 самолетов, собранных этим заводом, поднялся в воздух через шесть месяцев – 12 июня.
Как и первые модели, F-100D имел целый ряд "детских болезней". Многие из них были выявлены во время испытаний на авиабазе ВВС в Эдвардсе, Калифорния. Главной проблемой являлся генератор, обеспечивающий электроэнергией все бортовые системы самолета и оказавшийся очень ненадежным. Точность работы системы управления огнем МА-3 также оказалась ниже желаемой. Связь между системой бомбометания с малых высот AN/AJB-1B и автопилотом МВ-3 оказалась неадекватной. Только с 384-го самолета начались поставки улучшенной модели автопилота.