В 1209 г. война с Генуей закончилась, но поддержка пизанцами гибеллинов обернулась для них потерей поддержки римских понтификов. В 1238 г. папа Григорий IX утвердил союз Венеции и Генуи, направленный против империи и Пизы. В 1241 г. объединенный флот пизанцев и сицилийцев, руководимый имперским принцем Энцо, напал возле острова Джильо на генуэзцев. Противник потерял 25 кораблей, больше тысячи генуэзцев попали в плен, среди них – два кардинала и один епископ.
Последнее обстоятельство стало причиной отлучения всего города Пиза от Церкви, снятого только в 1257 г. Пизанцам удалось овладеть несколькими генуэзскими колониями и даже начать осаду Генуи (1243).
Упадок Пизанской республики начался 6 августа 1284 г., когда пизанский флот, которым командовал Альбертино Морозини, в драматической битве при Мелории потерпел поражение от намного уступавшего ему по численности генуэзского флота под водительством Бенедетто Заккарии и Оберто Дориа. В 1290 г. генуэзцы разрушили пизанский порт и засыпали акваторию солью. При Мелории пизанцы потеряли тысячи моряков; генуэзцы запретили окрестным территориям отпускать своих жителей в пизанский флот. Наоборот, желающие стать генуэзскими моряками получали всяческую поддержку.
Окончательный удар морскому могуществу Пизы нанесла река Арно, изменившая свое русло. В 1324 г. пизанцы потеряли и Сардинию, отдав ее Арагону. Тем не менее в XIV в. город еще был достаточно силен и еще мог выдерживать на суше соперничество с Флоренцией.
В 1315 г. пизанцы даже разгромили флорентийцев в битве при Монтекатини. Но это были временные успехи, и в 1406 г. Пиза была завоевана флорентийцами. Правда, в конце столетия пизанцам с помощью французского короля Карла VIII удалось на время восстановить независимость, однако Вторая республика просуществовала в Пизе всего полтора десятилетия: в 1509 г. флорентийские войска, которыми руководили Антонио да Филикайя, Аверардо Салвьяти и Николо Каппони, снова захватили Пизу, и ведущая роль в Тоскане навсегда перешла к Флоренции, а основной порт «перебрался» в Ливорно.
Кстати, именно ради этой башни миллионы туристов со всех концов земли и приезжают в Пизу. Падающая башня, или просто Башня, как ее называют пизанцы, на самом деле строилась как соборная звонница (Кампанила-ди-Санта-Мария). Правда, башня – не обычная кампанила. Все ее этажи окружены галереями с колоннами из белого каррарского мрамора. Она воспринимается скорее как декоративная башня, чем колокольня. Строительство башни началось в 1174 г. по проекту пизанского зодчего Бонанно. Уже в ходе начальной фазы строительства обнаружилось, что место выбрано неудачно. Оказалось, что грунт не выдерживает веса конструкции и башня стала оседать, причем оседать неравномерно. Стройку прекратили, решив посмотреть, как пойдут дела дальше. Возобновилось строительство только через сто лет.