Но особенно ценились заслуги евреев в военное время. В начале Средневековья, при правлении Анжуйской династии, как уже указывалось, они вынуждены были оснащать галеры и служить на них; правда, последняя повинность считалась оскорбительной и впоследствии была отменена. Однако признанным долгом каждого мужчины – еврея так же, как и нееврея, – считалась обязанность служить в охране крепостных сооружений по четыре раза в год. В 1431 году община предоставила заем в размере 3 тысяч дукатов венецианскому сенату на военные цели. Услуги евреев ни в коей мере не ограничивались финансами. По сообщениям очевидцев, во время первой большой осады турками острова в 1537 году евреи сыграли значительную роль в обороне. Их квартал находился в особенно опасном месте, поэтому дома и собственность понесли огромный ущерб. Тем не менее они помогали при строительстве новых оборонительных сооружений и укреплении старых, ухаживали за ранеными, предоставляли властям беспроцентные ссуды, поддерживали общественные финансы и во всех отношениях показали себя образцовыми гражданами. В конце XVII века, в ходе славных, но катастрофических войн с Турцией, они также предоставляли правительству крупные денежные субсидии.
В 1696 году, когда губернатор острова попытался вымогать у евреев 10 тысяч дукатов, арестовав двадцать видных представителей общины, они успешно подали протест в Венецию. Вместе с тем они добровольно предлагали сумму в 500 дукатов ежегодно на все время, пока шла война, и их пожертвование принималось с благодарностью. Во время второй осады острова турками в 1716 году евреи приняли активное участие в обороне. По одному официальному отчету, они показали себя полезнее, чем все остальные слои населения. За год до того они добровольно внесли 600 дукатов на укрепление фортификаций. Во время артиллерийского обстрела их квартал пострадал больше остальных. На него падало много ядер, причиняя большой ущерб; в еврейском квартале, кроме того, обстрел вызвал несколько пожаров. Тем не менее это не ослабило их решимости. Многие служили с оружием в сторожевом охранении и обороняли город. Другие совершали разведывательные вылазки или доставляли в окопы провизию и боеприпасы. Синдики общины подавали пример и призывали остальных к мужеству. Особенно отличился Мордэхай Мордо Маврогонато; он удостоился особого упоминания в официальных депешах. Когда осаду сняли, сам венецианский генералиссимус, граф Шулембург, восторженно писал домой о заслугах еврейской общины в час опасности; и Provveditore Generale также публично выразил им благодарность. В течение многих лет день снятия блокады праздновали во всех синагогах острова.