В 1482 году в Падуе появился государственный ломбард, Monte di Pieta; учреждение возникло под опекой Бернардино да Фельтре. Первое время его существование незначительно сказывалось на доходах еврейских банкиров, чье процветание приходится на период после этой даты. Однако оказалось, что они уже не являются незаменимыми; и в 1547 году, после одного из обычных периодических диспутов, их вынудили закрыть свои банки. Однако ростовщичество было не единственной сферой деятельности, разрешенной евреям. Начиная с 1448 года существует еврейская гильдия strazzaiuoli, то есть старьевщиков. Входившие в гильдию старьевщики могли пользоваться всеми привилегиями такой же христианской организации в обмен на ежегодный взнос. Помимо того, они занимались торговлей, несмотря на все усилия их из этой сферы изгнать или ограничить их операции. В 1615 году им принадлежало не менее 84 из 86 универсальных магазинов в городе. Евреи ввозили товары из-за границы; кроме того, они торговали золотом, серебром и драгоценными камнями. По соглашению с гильдией сапожников в 1539 году они получили возможность торговать кожей. Благодаря поддержке руководства университета, которое стремилось сохранить низкие цены, им разрешили торговать текстильными товарами. Евреи играли заметную роль и в промышленности. Шелкоткацкое производство появилось в Падуе в XV веке благодаря одному еврею по имени Мозес Мантика. В 1645 году уроженец Триеста привез в город ткацкие станки и дал работу не менее 6 тысячам человек. Несмотря на все противодействие, продолжалось участие евреев во многих других отраслях экономики.
В XVI веке отношение простого народа к евреям изменилось к худшему. Уже упоминалось о страданиях евреев в 1509 году, во время войны. Однако они быстро восстановились. В 1541 году начались призывы к их сегрегации. Все это вылилось в 1602 году в образование гетто по венецианскому образцу в центре города, с четырьмя воротами по концам главных улиц. Вскоре главы общины стали жаловаться на неудобство нового квартала, где арендная плата была непомерно высока, а улицы слишком узки. В сырых домах царила антисанитария. Именно антисанитарией объясняется высокая смертность в гетто во время эпидемий чумы 1571 и 1631 годов. Во время первой из этих эпидемий умерли 220 человек. Во второй из общего населения в 721 человек заразились не менее 634, а умер 421 человек, то есть почти ⅔ всех обитателей гетто. Один из комиссаров, назначенных общиной, Авраам Каталан, оставил яркий отчет обо всем случившемся, который по мастерству ужасных описаний стоит почти наравне с «Дневником чумного года» Д. Дефо.
Еще одна памятная сцена в истории евреев Падуи произошла в 1684 году. Союзные армии осаждали Буду, столицу Венгрии, которую очень стойко обороняли турки. К этому городу были прикованы взоры всей христианской Европы; и с каждым днем, на который его падение откладывалось, страсти все больше накалялись. Так как рядом не было мусульман, на которых можно было выместить гнев, козлами отпущения, как обычно, стали евреи. В осажденном городе в самом деле имелась небольшая еврейская община, представители которой, исполняя свой долг, сражались с нападающими. Пустили слух, что евреев в Буде более 30 тысяч, что именно из-за них оборона так затянулась и что они совершают неслыханные зверства против любых христиан, которым не повезло попасть в их руки. Доверчивое простонародье принимало такие истории за чистую монету. В Риме антиеврейские настроения настолько накалились, что евреям без сопровождения опасно было выходить на улицу. В венецианских владениях, в Монселиче, Монтаньяне, Кастельфранко и Читаделле условия были сходными. Но в Падуе (где страсти уже накалились из-за недавнего решения властей, разрешивших евреям производить шерстяные ткани) антиеврейские настроения были хуже всего.
Преждевременное сообщение о падении осажденной Буды еще больше разожгло страсти. 20 августа 1684 года толпа крестьян и ремесленников разбила ворота гетто, вломилась внутрь и начала систематический грабеж. Прибывший вовремя полк кирасир очистил улицы; кровопролития удалось избежать. Тем не менее толпа продолжала бушевать и после ухода военных предприняла второе нападение на ворота Святого Урбано, поспешно укрепленные изнутри. В гетто царило отчаяние. Рев толпы, удары кувалд по воротам и отблески огня, который разожгли, чтобы сжечь ворота, добавляли страха. Впервые в памяти живущих обычная последовательность богослужений в синагогах (которая сохранялась даже во время эпидемий чумы) была прервана. Несколько человек соорудили лестницы из подручных материалов и вместе с женами и детьми бежали в примыкающие к гетто дома христиан, где им позволили укрыться. Вдруг ворота с грохотом упали.