Фактическое двоевластие в Иудее осложнилось распрями и гражданской войной в самой Римской республике. Сторонники Помпея убили римского наместника в Сирии Секста Цезаря, а несколько позднее, уже в Риме, расправились и с Юлием Цезарем. Как приверженцы, так и противники Цезаря рассеялись по всей территории Римской республики, чтобы собрать войска для решающей битвы друг с другом. В 44 г. до н. э. римским наместником в Сирии стал один из убийц Юлия Цезаря – Кассий. Ему удалось объединить и подчинить себе римские силы на Востоке. Однако он лихорадочно искал деньги, чтобы набрать как можно большую армию и двинуться на соединение с другим убийцей Цезаря – Брутом, находившимся со своими войсками в Македонии. На Сирию и Иудею была наложена огромная внеочередная дань. С одной только Иудеи Кассий потребовал 700 талантов серебра, приведя в «смущение и ужас» ее население. Ирод был первым, кто внес причитающуюся с его области сумму, чем снискал себе особое благоволение нового римского наместника. В 43 г. до н. э. Кассий перед уходом на войну в Македонию, где он должен был сразиться с Октавианом и Марком Антонием, назначил Ирода наместником Заиорданья и Самарии, а главное, обещал провозгласить его иудейским царем по возвращении из похода.
Гражданская война в Римской республике развязала руки иудейским аристократам для сведения счетов друг сдругом. Первой жертвой их интриг пал Антипатр, фактический правитель Иудеи. Он был отравлен теми, кто опасался чрезмерного возвышения этого идумейского семейства. Временным политическим вакуумом в регионе попытался воспользоваться и Антигон, сын Аристобула II. Собрав небольшую армию при содействии правителя портового города Тир, он попытался прорваться в Иудею с севера, но был отброшен силами Ирода назад. Победа над Антигоном, врагом Гиркана, сблизила последнего с Иродом и в дальнейшем привела даже к родственным отношениям между ними. Расчитывая стать наследником популярной в народе хасмонейской династии, Ирод женился на Мариамме, внучке Гиркана.
В 42 г. до н. э. гражданская война в Риме закончилась поражением армий Кассия и Брута в знаменитой битве при Филиппах в Македонии. Убийцы Цезаря покончили с собой, а их победители – участники второго триумвирата – разделили сферы правления: Октавиану достался Запад, Марку Антонию – Восток, Лепиду – Северная Африка. Таким образом, верховная власть над Иудеей, Сирией, Малой Азией и Египтом перешла в руки Марка Антония. Когда последний в 41 г. до н. э. прибыл в Вифинию (Малую Азию), к нему отовсюду потянулись посольства. Согласно Флавию, «явились также от иудеев знатные лица с жалобами на то, что Фазаэль и Ирод насильно захватили в свои руки правление, оставив Гиркану один лишь почетный титул. Но туда явился также и Ирод, который щедрыми подарками так обворожил Антония, что он даже не пожелал выслушать его противников. Так они и вынуждены были возвратиться назад без всякого результата» (Иуд. война, I, 12, 4). Марк Антоний оставил реальную власть над Иудеей в руках Ирода и его брата, назначив их тетрархами (наместниками). Что касается Гиркана II, то он пользовался лишь религиозной властью, хотя, кроме сана первосвященника, формально сохранял и пост правителя (этнарха).
Между Римом и Парфией. Антигон II
Завершение гражданской войны в Римской республике и установление власти Марка Антония на Востоке не принесли умиротворения в Иудею. В 40 г. до н. э. парфяне неожиданно атаковали римские войска на Евфрате и заставили их отступить из Сирии. Этим благоприятным для него обстоятельством воспользовался младший сын Аристобула II – Антигон. За помощь в овладении Иудеей он обещал парфянам тысячу талантов серебром и пятьсот женщин из знатных семейств приверженцев Ирода. Парфяне, заинтересованные в устранении проримских властителей Иудеи, приняли предложение Антигона и дали ему в поддержку небольшой отряд конницы. Но главную помощь Антигону оказали фарисеи, аристократы – сторонники его отца, а также многочисленные противники семейства Ирода. Пользуясь симпатиями иудейского народа, Антигон быстро овладел почти всей страной и осадил Иерусалим, где заперлись Ирод, его брат Фазаэль и Гиркан. Без содействия римлян Ирод, уже тогда непопулярный в народе, был не в состоянии противостоять Антигону и ночью тайком бежал из города. Здесь, в Иерусалиме, Антигон (40–37 гг. до н. э.) был торжественно провозглашен царем Иудеи. Фазаэль, попав в плен, предпочел покончить с собой, а Гиркана, как знатного пленника, парфяне увезли с собой. Правда, перед тем как парфяне покинули страну, Гиркану, по приказанию Антигона, отрубили уши, чтобы он больше никогда не стал первосвященником (этот пост не могли занимать люди с телесными пороками) (Флавий, Иуд. древн., XIV, 13, 10).