От работы начальника ГРУ и заместителя начальника Генерального штаба по разведке Серов был освобождён 2 февраля 1963 года решением Президиума ЦК КПСС. Через месяц с небольшим, 7 марта Президиум ЦК принял решение «О работе ГРУ», в котором, в частности, содержалось поручение комиссии в составе Секретаря ЦК КПСС В.Н. Титова, маршала С.С. Бирюзова и П.И. Ивашутина (1-го заместителя председателя КГБ, а теперь нового начальника ГРУ) разобраться в вопросе о С.С. Варенцове, И.Л. Серове и других и внести свои предложения. Трудно понять, что успела сделать комиссия, но следующим пунктом решения Президиума ЦК КПСС в тот же день, 7 марта, «за потерю политической бдительности и недостойные поступки» генерал армии Серов был снижен в военном звании до генерал-майора и лишён звания Героя Советского Союза.
Особенно активно против Серова выступал заведующий Отделом административных органов ЦК КПСС Н.Р. Миронов — давний недруг Серова. Он также сыграл свою закулисную роль в наказании Серова. Причём известие об отстранении его от должности начальника ГРУ настолько обрадовало Миронова, что он даже не в силах был скрыть свое ликование от окружающих. Оказывалось, что Миронов давно подбирал материалы, компрометирующие Серова, добиваясь того смещения.
Вопрос о партийной ответственности Серова был передан на рассмотрение Комиссии партийного контроля при ЦК КПСС. Партийное решение о разжаловании и лишении знания Героя было оформлено 12 марта 1963 года в советском порядке. Были выпущены Указ Президиума Верховного Совета СССР о лишении его звания Героя Советского Союза и Постановление Совета Министров о понижении в звании.
О наказании Серова Хрущев проинформировал пленум ЦК КПСС на вечернем заседании 21 июня 1963 года. В вину ему поставили вторичный приём на работу в военную разведку Пеньковского. Хрущёв сказал: «Из-за этого Серова наказали, что Серов допустил, его сняли и понизили в звании с генерала армии до генерал-майора».
Вообще говоря, Серов ещё легко отделался. На этом же пленарном заседании Хрущёв метал громы и молнии, поставив на голосование вопрос о выводе из кандидатов в члены ЦК КПСС Главного маршала артиллерии С.С. Варенцова — покровителя Пеньковского. Заявив, что у Варенцова много заслуг, Хрущёв продолжал: «Но, как говорится, ты мне брат, а партия мне мать. Поэтому я не могу иначе. Я ценил его как генерала, как артиллериста, но тут вопросы политические, вопросы партийного порядка, и он не достоин быть среди членов и кандидатов в члены ЦК. Вот моё мнение».
С возмущением отметив, что Пеньковский «влез в душу» к Варенцову, Хрущёв добавил: «Я опять повторяю, может быть, мы малую меру принимаем против него только в партийном порядке, а может быть, надо было его судить за это дело, потому что он много болтал и много выболтал. Особенно он не знал, он не знал о стратегических наших ракетах, но о тактических ракетах всё рассказал, то, что Варенцов знал, всё, собственно, рассказал. Вот каково положение». За исключение С.С. Варенцова из кандидатов в члены ЦК КПСС пленум проголосовал единогласно.
Между тем Хрущёв по-прежнему неплохо относился к Серову, хотя и полагал, что тот наказан заслуженно».
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 12 марта 1963 года С.С. Варенцов был лишён звания Героя Советского Союза и ордена Ленина, а приказом министра обороны СССР от 13 марта 1963 года понижен в воинском звании на четыре ступени до генерал-майора артиллерии.
10
Полковник КГБ В.И. Баранов был одним из тех, кто присутствовал на процессе по «делу Пеньковского». Вот что он рассказал об этом М. Гохману: «В подсудимом чувствовалась неуравновешенность. Он мало смотрел в зал, вообще был похож на взъерошенного защищающегося воробья. когда объявили притвор — высшую меру, он не отреагировал, как следовало бы ожидать. Скорее всего, Пеньковский надеялся на тот торг, который с ним прошёл в “Лефортове”…
Как рассказывал начальник следственного отдела КГБ генерал Чистяков, подследственному были зачитаны письменные гарантии о сохранении ему жизни в обмен на полное сотрудничество с органами госбезопасности и чистосердечное признание. Олег Пеньковский в это обещание поверил. Верили в это и его мать, до последнего дня посещавшая сына в “Лефортове”, и следователь, который вёл его дело, а также сам Чистяков…
Договорённости были нарушены на самом высоком уровне. Когда председатель КГБ Семичастный доложил Хрущёву свои соображения по этому вопросу, советский лидер взорвался нецензурной бранью и назвал его доводы “комсомольским бредом”».
По мнению Виктора Иннокентьевича, Пеньковский раскрыл всю военную доктрину в области ракетостроения на многие годы вперед. «Потому что передал он очень много — данные по ракетам, которые были у нас в то время не только на вооружении, но и в разработке: их радиус действия, способ заправки, боеготовность, дальность… Других источников в этой области у американцев не было. Пеньковский был вхож в высшие военные круги — взять хотя бы маршала артиллерии Варенцова, с которым они вели доверительные беседы», — считает ветеран спецслужб.