Жители Лонтора не присоединились сразу к восстанию. 23 мая 1609 г. они поручили жившему на Лонторе голландцу Виллему ван ден Энде передать Хуну, что они не причастны к тому, что произошло на Банда Найре. Они не причинят голландцам в Лонторской фактории никакого зла при условии, что крепость на Банда Найре будет ликвидирована, а голландский флот уйдет. Вскоре ван ден Энде вернулся на Лонтор и сообщил старейшинам, что совет голландского флота согласился на их требования. Через несколько дней ван ден Энде снова прибыл в ставку Хуна в сопровождении нескольких старейшин (орангкайя) для дальнейших переговоров. Хун тут же арестовал старейшин, объявил их заложниками за двух оставшихся на Лонторе голландцев и послал на Лонтор ультиматум с требованием немедленной капитуляции. В ответ лонторцы убили двух упомянутых голландцев. Голландская эскадра двинулась к острову и расстреляла его главное селение Лонтор. Затем голландцы захватили и опустошили часть острова. Лонторцы отступили в селение Саламан на северном берегу Лонтора и начали там возводить крепость. Новый губернатор островов Банда — Якоб де Биттер направился туда с сильным отрядом, чтобы разрушить это укрепление. Однако лонторцы успешно отразили нападение. Де Биттер потерял 9 человек убитыми и 70 ранеными. Сам он вскоре умер от ран. Хун, подозревая, что капитан Килинг сообщает лонторцам о передвижениях голландских войск, потребовал, чтобы английское судно в пятидневный срок покинуло банданские воды. Килинг заявил протест, но вынужден был подчиниться. Позднее этот эпизод вызвал трения между английским и голландским правительствами в Европе [158, с. 211].
Между тем сопротивление лонторцев продолжалось, голландцы не могли сломить его вооруженной силой. Только жесткая блокада, совершенно лишившая Лонтор подвоза продовольствия, вынудила их пойти на переговоры. 10 августа 1609 г. между банданскими старейшинами и голландской Компанией был подписан новый договор. Он был заключен якобы от имени всех островов Банда, однако старейшины островов Пуло Ай и Пуло Рун на переговоры не явились. Голландцы пока оставили их в покое. Стороны обещали друг другу «вечный союз» и «неизменную братскую дружбу», помощь в борьбе против португальцев и других врагов. Мускатный орех и мускатный цвет банданцы обязывались продавать только голландцам и только по зафиксированным низким ценам. Остров Банда Найра на вечные времена переходил под власть Генеральных штатов и голландской Ост-Индской компании. Остальные острова сохранили статус «союзников» Голландии. Подписание договора сопровождалось салютом голландской эскадры в 1500 залпов. Эта канонада должна была лишний раз напомнить банданцам, что их ждет, если они опять поднимутся против Голландии [96, т. I, с. 66–69; 242, с. 73].
Считая положение на островах Банда стабилизировавшимся, голландцы перебросили свои основные силы на Молуккские острова. Здесь с конца июня 1609 г. уже действовал вице-адмирал Виттерт, заключивший с султаном Тернате новый договор, расширявший права голландской Компании [96, т. I, с. 61–65]. Не имея достаточно сил, чтобы выбить испанцев из их крепостей, он стал создавать новые опорные пункты для будущего наступления. Так, в частности, он построил крепость на острове Мотире между Макианом и Тидоре. Затем он направился к западным берегам Филиппин, чтобы воспрепятствовать торговле между Манилой, и Китаем. Он захватил много торговых судов, но вскоре пал с большей частью команды в сражении с испанской эскадрой. Два уцелевших голландских корабля вернулись на Молукки, где Хун тем временем возвел на северной оконечности Тернате еще одну крепость — Виллемстадт и блокировал с моря Тидоре, чтобы отрезать его от подвоза продовольствия. В ноябре 1609 г. он вытеснил испанцев еще с одного молуккского острова — Бачан. Испанцы, выдержав первый штурм, ночью ушли из своей крепости и укрепились на горе внутри острова. Голландские мушкетеры, однако, вскоре принудили их к сдаче. Князь Бачана 10 декабря 1609 г. подписал договор о дружбе и помощи с Голландией и Тернате и предоставил голландской Объединенной Ост-Индской компании торговую монополию [96, т. I, с. 75–77; 158, с. 212].
Вскоре после этого из Европы пришло известие о заключении 12-летнего перемирия между Испанией и Голландией. Военные действия в Юго-Восточной Азии, однако, продолжались. Правда, были проведены переговоры об обмене пленными, и 25 марта 1610 г. ван Карден и другие голландские пленные на Тидоре были освобождены. После смерти Хуна (видимо, отравленного испанскими агентами) ван Карден возглавил голландцев на Молукках, но 15 июня 1610 г. он снова попал в плен к испанцам и опять был посажен в крепость Гамламо. На новых переговорах испанцы потребовали за него выкуп — 40 тыс. реалов, но голландцам это показалось слишком дорого. Обезглавленный голландский флот долго не мог выбрать нового командира, и военная активность на Молукках временно снизилась [158, с. 211; 242, с. 75–76].