После этого весьма скромного успеха эскадра Бота наконец отплыла на Молукки, куда прибыла 8 сентября 1611 г. Здесь на островах Макиан и Бачан Боту удалось расширить и укрепить голландские крепости и усилить их гарнизоны. Тогда же голландцы устроили опорный пункт на крупнейшем острове Молукк — Хальмахере, где был заключен договор с несколькими деревнями о совместной борьбе против испанцев и португальцев. В нескольких местах на побережье Хальмахеры были размещены голландские гарнизоны. На острове Тернате была возведена еще одна крепость — под названием «Форт Голландия».
5 января 1613 г. Боту удалось добиться еще одного дипломатического успеха. Был заключен договор о дружбе с раджей острова Бутунг. Голландцам было разрешено построить крепость на Бутунге и вести там беспошлинную торговлю [96, т. I, с. 104–108]. Бутунгские воины в январе 1613 г. приняли участие в голландском рейде против находившихся под португальским контролем восточноиндонезийских островов Солори Тимор. Захватить Тимор голландцам не удалось. Попытка поднять тиморских князей против португальцев не увенчалась успехом. Однако на Солоре голландский командующий Схотте после трехмесячной осады 20 апреля 1613 г. принудил к сдаче португальскую крепость Генрикус. Гарнизон крепости из 30 португальцев и 250 индонезийцев получил разрешение покинуть ее с оружием и знаменами. Схотте даже дал им на дорогу продовольствия. Через два дня после капитуляции с Тимора прибыло подкрепление — 50 португальцев и 450 индонезийцев. Но было уже поздно. Солор остался в руках голландской Ост-Индской компании. Монополия португальцев на торговлю сандаловым деревом Тиморского архипелага с Китаем и Японией была подорвана [158, с. 215–216; 242, с. 89–90].
В феврале 1613 г. Бот нанес давно подготавливавшийся удар против центра испанских владений на Молукках — форта Марико на Тидоре. После недолгого боя испанцы бежали, а тернатские союзники голландцев сожгли крепость. Бот не смог помешать разрушению форта Марико, но тут же начал строить рядом с ним новую, более мощную крепость. Окончательно закрепив к сентябрю 1613 г. свой успех на Молукках, Бот после двух с половиной лет отсутствия вернулся на Яву.
На Яве в это время шла упорная борьба правителя Матарама Агунга с владетелями северояванских прибрежных государств. Когда эскадра Бота 14 сентября 1613 г. прибыла в Гресик, в этом городе только что закончились военные действия, в ходе которых полностью сгорела основанная в 1602 г. голландская фактория. Войска Матарама после захвата Гресика не смогли в нем удержаться и, сильно страдая от эпидемии, опять отступили в глубь острова. Представители Агунга, однако, вступили в контакт с Ботом и дали ему понять, что Агунг готов установить с голландской Компанией взаимовыгодные отношения. Ввиду этого Бот решил перенести факторию из Гресика в Джапару, порт, давно и прочно удерживаемый Матарамом. Здесь можно было приобрести много дешевого риса, необходимого на островах Пряностей. Несколько позже Бот направил к Агунгу посольство во главе с Каспаром ван Цурком, которое прибыло в столицу Матарама в апреле 1614 г. Молодой правитель принял голландцев с большими почестями, разрешил им построить в Джапаре не только факторию, но и небольшое укрепление, дозволил свободный экспорт риса и обещал Компании помощь в ее конфликте с Бантамом [158, с. 216; 242, с. 93–94].
Отношения голландской Компании с Бантамом в это время действительно сильно ухудшились. В огромном международном порту, куда вслед за голландцами проникли английские, французские и датские купцы, где постоянно находились представители почти всех национальностей — от арабов до японцев, конкуренция торговцев постоянно создавала взрывоопасную ситуацию. Так, в 1612 г. сгорела голландская фактория в Бантаме, а виновников поджога обнаружить не удалось [114, с. 149]. Кроме того, голландцы, чувствуя за собой силу наиболее могущественного в Южных морях флота, часто вели себя вызывающе по отношению к местным властям, не гнушались нападением на торговые суда конкурентов в бантамских водах, уклонялись от уплаты торговых пошлин. Регент Бантама пангеран Ранамангала с большим подозрением относился к беспокойным пришельцам и иногда поступал с ними довольно жестко. Чувствуя, что близкий разрыв неминуем, руководство голландской Ост-Индской компании продолжало готовить почву для переноса центра Компании на Востоке в Джакарту.