С этого времени Малакка постоянно находилась в плотней блокаде с суши и с моря. Когда ее обширные запасы истощились, летом 1640 г. начался последний этап борьбы за Малакку. С июня 1640 г. голландский флот подвергал город постоянной бомбардировке. В июле к голландцам подошло подкрепление — 40 джохорских парусных судов с большим количеством воинов на борту. 2 августа 1640 г. союзники высадились у стен Малакки и начали возводить вокруг города земляные укрепления. Тропические болезни косили голландские войска. К ноябрю 1640 г. у голландцев осталось только 1707 мушкетеров, из которых 470 были больны, и, если бы не подход нового контингента джохорских войск под командованием генерала Шри Биджа Дираджи, осаду пришлось бы снять, К январю 1641 г. осадные батареи пробили бреши в стенах двух бастионов, но-основная крепость все еще держалась. Однако и положение Малакки в это время было отчаянным. Более трети жителей города умерло от голода, еще большее число под покровом ночи бежало из Малакки. Комендант Малакки Мануэль де Сузо Кутиньо решил пойти на сделку с голландцами. После имитации штурма 14 января 1641 г. город пал. «Чтобы овладеть Малаккой, — писал К. Маркс, — голландцы подкупили португальского губернатора. В 1641 г. он впустил их в город. Они тотчас же поспешили к его дому и убили его, чтобы „воздержаться“ от уплаты условленной суммы подкупа в 21 875 фунтов стерлингов» [3, т. 23, с. 762].
Павшая Малакка представляла плачевное зрелище. На улицах лежали непогребенные трупы. Из 20 тыс. жителей в городе осталось, по одним сведениям, 3 тыс., а по другим — 1400 человек [242, с. 260; 271, с. 117]. Голландский командующий М. Картеку приказал гражданскому населению снести все свое золото, серебро и деньги в церковь св. Павла. Только после этого оно получило разрешение эвакуироваться на голландских судах в Негапатам. Офицеры и солдаты остались в голландском плену. Убитый губернатор Сузо Кутиньо через два дня был объявлен «внезапно умершим» и похоронен голландцами с большими почестями [271, с. 117].
Малакка, перейдя в руки голландцев, окончательно утратила свое значение как центр мировой торговли. Голландцы, однако, сохранили ее как военную базу, контролирующую Малаккский пролив. Корабли, приходившие этим путем с запада, обязаны были заходить в Малакку и приобретать за значительную сумму «пропуска» для плавания в морях Юго-Восточной Азии. Корабли же, идущие с востока и не имеющие уже таких «пропусков», вообще топили без предупреждения. Другой функцией Малакки при голландцах было военное давление на богатые оловом малайские княжества, с тем чтобы заставить их продавать олово только голландцам.
Уже в 1641 г. первый голландский губернатор Малакки И. ван Влит потребовал от князя Перака, чтобы он прекратил всякую торговлю с иностранцами и предоставил голландской Компании монополию на скупку олова в его княжестве. Получив отказ, голландцы послали эскадру блокировать устья Перака. Но перакский князь держался твердо, и голландцы временно переключились на другие оловоносные районы. 18 июня 1642 г. Компания подписала договор с князем Кедаха, по которому тот обязывался поставлять ей половину своего олова по фиксированным низким ценам. 19 марта 1643 г. небольшое княжество Джанк Сейлон (Уджунгсаланг), номинальный вассал Сиама, подписало с Компанией договор, предоставляющий голландцам исключительное право на скупку всего олова (княжество в это время экспортировало около 370 т олова в год). 1 января 1645 г. Компания подписала аналогичный договор с княжеством Бангери. Во второй половине 40-х годов XVII в. голландцы добились монополии на торговлю оловом в северо-малайских княжествах Паттани, Сингора и Лигор, которые также были вассалами Сиама. Наконец, в декабре 1650 г. послы Компании добились от сюзерена Перака султанши Аче подписания договора, по которому олово Перака должно было в равных долях продавать Компании и Аче, а все остальные конкуренты устранялись с перакского рынка [253, т. III, с. 81, 170].
Голландцы в этот период не стремились к широким территориальным захватам в Малайе. Однако им была необходима определенная сельскохозяйственная периферия, которая, по их расчетам, могла бы прокормить Малакку. В 1641 г. губернатор И. ван Влит заставил правителя лежавшего близ Малакки небольшого княжества Нанинг подписать договор о вассальной зависимости от голландской Компании. Но жители Нанинга не признали этого договора. Голландцы посылали в Нанинг одну за другой военные экспедиции, но они обычно не давали результата. Более того, экспедиция 1644 г. была полностью разгромлена нанингцами. Только в 1647 г. Нанинг признал свою вассальную зависимость от Компании, но прочно закрепиться в этом княжестве голландцам так и не удалось. К тому же попытки выращивания риса в окрестностях Малакки не увенчались успехом (здесь издавна существовали только садовые культуры). Рис и другое продовольствие, как и при португальцах, пришлось ввозить из Сиама и с Явы [271, с. 125–126].