Начало правления ознаменовалось конфликтом между молодым султаном и его старшим единокровным братом Махмудом. Этот Махмуд был родным братом убийцы сына Тун Перака, Раджи Мухаммада, который умер (или был тайно устранен?) в 1475 г. Он по праву старшинства считал себя законным наследником, а вместо этого был отправлен в тот же Паханг. Укрепившись там, он бросил открытый вызов Ала-уд-дину, убив губернатора княжества Тренгану Таланая за то, что он принес присягу новому султану. Ала-уд-дин хотел начать военные действия против Паханга, но Тун Перак наложил на это решение вето. Он пресек начинающуюся гражданскую войну более экономичным способом, направив в Паханг лаксаману Ханг Туа-ха. Этот выдающийся военачальник и будущий главный герой малайского эпоса дерзко вошел во дворец Махмуда с несколькими воинами и на глазах у пахангского султана убил одного из его придворных, родственника убийцы Таланая. Опасаясь, что следующий террористический акт будет направлен против него самого, Махмуд поспешил выразить покорность [280, с. 56].
При Ала-уд-дине Малакка продолжала вести войны на Восточной Суматре, хотя не смогла добиться новых существенных приобретений. Особенно упорная борьба шла с полупиратским государством Ару. Согласно малайским источникам, Малакка вмешалась в войну Ару и Пасея на стороне последнего и одержала решительную победу над флотом Ару [280, с. 56]. Согласно португальским источникам, Малакка, напротив, потерпела в войне с Ару поражение [229, т. II, с. 251]. Вторая версия более правдоподобна, судя по отсутствию новых приобретений Малакки на Суматре.
Некоторое военное ослабление Малакки в этот период можно усмотреть и в посылке Ала-уд-дином в 1481 г. посольства в Китай с просьбой о помощи против короля Вьетнама, который после покорения мусульманской Тямпы собирался, по сведениям малаккской разведки, продолжить наступление на запад и напасть на Малакку. Китайский император послал укоризненное послание королю Вьетнама, а Ала-уд-дину посоветовал в случае нападения опираться на собственные силы [280, с. 56].
В оценке личности султана Ала-уд-дина имеются некоторые противоречия. Согласно малайским источникам, Ала-уд-дин был энергичным правителем, который по ночам лично патрулировал в столице и убивал разбойников, а наутро делал выговор своему шурину — начальнику полиции Тун Мутахиру за неумение поддерживать порядок [280, с. 56]. Т. Пиреш, напротив, утверждает; «Говорят, Аладин был более предан делам ислама, чем чему-либо другому. Он потреблял много опиума и иногда бывал не в своем уме. Он был одинок и не часто наведывался в город. В свое время он собрал много богатств, чтобы ехать в Мекку» [229, т. II, с. 251]. Малайские анналы подтверждают набожность Ала-уд-дика и запланированную им поездку в Мекку. Что касается его ночных подвигов, то тут летописцы, видимо, спутали его с отцом.
В последние годы правления Ала-уд-дина феодальная оппозиция вновь подняла голову. «Аладин всегда держал королей Паханга, Кампара и Индрагири и их родню при дворе и наставлял их в исламе, поскольку хорошо знал этот предмет» [229, т. II, с. 251]. Иными словами, султан боялся, как бы вассальные правители не слишком укрепились, находясь в своих владениях. Только однажды Ала-уд-дин отступил от этого правила. Незадолго до своей смерти он послал своего старшего сына от суматранской принцессы (т. е. полноправного наследника трона) Манувар-шаха вассальным султаном в Кампар, чтобы он там «набрался опыта управления» [280, с. 56]. Р. О. Винстедт не без оснований полагает, что это перемещение было результатом феодальной интриги Тун Перака, желавшего удалить от двора законного наследника, чтобы расчистить дорогу к трону Махмуду, сыну своей племянницы. В качестве альтернативы Винстедт предполагает, что инициатором посылки был Тун Мутахир, родной брат матери Махмуда [280, с. 56]. Эта гипотеза нам представляется сомнительной, так как именно Тун Мутахир был вассальным князем Кампара до того, как его передали Манувар-шаху. Он, скорее, был ущемлен этой перестановкой и затаил вражду к своему зятю Ала-уд-дину, с которым у него, судя по всему, и раньше бывали трения.