В ноябре 1569 г. Байиннаун посадил на сиамский трон Маха Таммарачу, который должен был править королевством под присмотром бирманских чиновников и при помощи 10-тысячного бирманского гарнизона. В стране был введен ряд бирманских законов и обычаев, в частности бирманское летосчисление с 638 г. (сохранилось до XIX в.). В качестве гарантии верности Маха Таммарачи Байиннаун держал при своем дворе его малолетнего сына принца Наресуана, которому суждено было стать национальным героем Сиама.
Закрепив, таким образом, свою власть в Сиаме, Байиннаун занялся дальнейшим расширением своей империи. Здесь камнем преткновения для него стал Лаос. Бирманцы не раз захватывали столицу страны Вьентян и даже сажали там своих марионеток, но король Сеттатират каждый раз уходил в джунгли и оттуда продолжал борьбу.
Между тем Маха Таммарача постепенно восстанавливал хозяйство, разрушенное войнами, одновременно защищаясь от набегов кампучийских королей, спешащих воспользоваться слабостью соседа. В первые годы правления Таммарачи кампучийские войска четырежды вторгались в Сиам (1570, 1575, 1578, 1581–1582 гг.), причем в 1575 г. их армия и речной флот подошли к самой Аютии. Ссылаясь на кампучийскую угрозу, Маха Таммарача в 1580 г. добился разрешения восстановить стены Аютии. В то же время он вновь заселил столицу, переместив туда жителей своей старой вотчины — Северного Сиама. Это был первый шаг на пути к возвращению независимости.
Внешние обстоятельства благоприятствовали Сиаму. В 1580 г. умер великий завоеватель Байшшаун, и престол занял его сын Наидабайнп, которому не под силу было управлять обширной империей отца. В стране стали вспыхивать феодальные мятежи, в 1584 г. отделилась Северная Бирма. Во главе мятежа встал тесть Нандабайина принц Авы.
Выступая на подавление восстания, Нандабайип потребовал от Сиама выставить вспомогательную армию. Во исполнение приказа принц Наресуан (за несколько лет до этого он был отпущен к отцу и успел проявить себя как искусный военачальник в войнах с Кампучией) в мае 1584 г. прибыл с войском на бирманскую границу. Здесь, но летописным данным, двое наемных убийц открылись ему в том, что бирманский король приказал им его уничтожить. Так ли это было на самом деле — неясно. Во всяком случае, Наресуан, трезво оценив ситуацию (король и большая часть бирманской армии сражаются, а столица империи Хантавади почти не защищена), провозгласил тогда, как мы знаем, независимость Сиама и начал военные действия против бирманцев. Захватить Хантавади внезапным ударом, однако, не удалось. Узнав о подавлении мятежа в Аве и возвращении бирманской армии, Наресуан двинулся обратно. По дороге в его армию влились сиамские военнопленные, часть южнобирманских монов, недовольных правлением Нандабайина, и много шанов, бежавших из мест их насильственного переселения. На требование Нандабайина вернуть этих шанов в Бирму последовал решительный отказ.
Обе стороны начали готовиться к решительной войне. Резонно опасаясь, что главный удар будет нанесен с севера — по равнине, Наресуан стянул все население Северного Сиама в район Аютии. Весь рис на вражеском пути был собран или уничтожен. Для охраны горных проходов на западе и полуостровной части Сиама были созданы две новые армии. Общая численность всех сиамских войск составляла 50 тыс. человек. В декабре 1584 г. началось бирманское вторжение. Западная бирманская армия (30 тыс. человек) сумела прорваться через перевал Трех Пагод, дошла до Сунанбурп, где была разбита. Основные силы бирманцев (100 тыс.) иод командованием тогдашнего короля Чиангмая, принца Таравади Мина к февралю 1585 г. достигли г. Чайнат на среднем Менаме, но вскоре были вынуждены отступить до Кампенгпета, неся большие потери после рейдов сиамских партизан. Нандабайин послал в помощь Таравади Мину новую 50-тысячную армию во главе со своим наследником Мин Чит Сза п инструкцию беспощадно разорять сельское хозяйство в Центральном Сиаме, и в то же время организовать сев риса в обезлюдевшем Северном Сиаме.
Около года борьба шла с переменным успехом, несмотря на численный перевес бирманцев. Наконец, в апреле 1586 г. Наресуан нанес врагам сокрушительное поражение, сам Таравади Мин едва избежал плена.
В ноябре 1586 г., собрав 250 тыс. воинов, Нандабайин возглавил вторжение в Сиам. Не имея возможности устоять против таких сил в открытом поле, Наресуан снова укрыл все небоеспособное население за стенами Аютии, собрав или уничтожив весь урожай, и развернул против бирманцев широкую партизанскую войну. В январе 1587 г. бирманские армии осадили Аютию. Во время осады, делая частые вылазки, Наресуан не раз сражался не только на слоне, как положено принцу, но и в пешем строю. Ему удалось продержаться до начала дождей, после чего бирманцы вынуждены были снять осаду и уйти.