В 1539 г. Малакка получила передышку на несколько лет, поскольку неприязненные отношения Аче и Джохора переросли в открытую войну. Аче к этому времени подчинила себе не только мелкие государства северо-восточной Суматры, но и северо-западную Суматру с королевством Минангкабау, бывшим основным поставщиком золота в Юго-Восточной Азии. Это возбудило серьезную тревогу не только в Джохоре, но и в мусульманских государствах Явы, особенно в султанате Демак [209, с. 196]. В октябре 1539 г. султан Аче Ала-уд-дин Риайят-шах (тезка султана Джохора) захватил Ару, важнейшее вассальное государство Джохора на восточном берегу Суматры. Ару перед этим обращалось за помощью и к Малакке, но португальцы ответили отказом. Губернатор Перо де Фария послал в Ару только небольшое количество боеприпасов, которые доставил знаменитый португальский путешественник Фернан Мендес Пинто [35, с. 80, 82]. Флот Аче составлял грозную силу из 160 кораблей, а в ачехскую армию, помимо местных формирований, входили отряды наемников из Малабара, Гуджарата и даже из Турции и Абиссинии, а также с Калимантана и Филиппин [35, с. 94].
Султан Джохора в создавшейся ситуации призвал на помощь своих вассалов — султанов Перака и Сиака. Их объединенные силы, даже при негласной поддержке Демака, уступали ачехским. Но малайские моряки значительно лучше знали морские и речные течения и другие особенности Малаккского пролива. Это обстоятельство в конечном счете предопределило победу джохорской коалиции.
Фернан Мендес Пинто так описывает морское сражение флота Джохора и его союзников с флотом Аче в начале 1540 г.: «Обменявшись обычными артиллерийскими залпами, оба флота бросились друг на друга, гребя изо всех сил, и, так как обе стороны шли на сближение и не избегали друг друга, бой продолжался примерно около часа без перевеса на чьей-либо стороне, пока военачальник ашенцев (ачехцев. —
Когда эти четырнадцать судов пришли в Ашен (Аче. —
После этой внушительной победы Ару до 1564 г. оставалось под властью Джохора. Португальская Малакка использовала годы передышки, чтобы расширить свое влияние в странах Юго-Восточной Азии. С 1545 г. Малакке удалось занять прочное положение на Бантамском рынке (Бантам в это время стал главной гаванью, снабжавшей перцем Индию и Китай) [56, с. 176]. В 40-х годах после прибытия в Малакку знаменитого иезуитского проповедника Франциска Ксавье значительно расширяется миссионерская деятельность на островах Индонезийского архипелага. К середине 50-х годов XVI в. португальские католические миссионеры действовали также в Бирме, Сиаме, Кампучии, Южном Вьетнаме. Число обращенных в католичество (за исключением некоторых районов Индонезии) было, однако, весьма невелико [12, с. 12–14; 192, с. 60].