Изетбегович решил создать независимое государство, в которое никто, кроме него, не верил. Его власть над республикой была весьма призрачной. Независимую Боснию и Герцеговины признали только в апреле 1992 года. А в мае президента Изетбеговича, главу независимого государства, задержали сербы — офицеры Югославской народной армии в аэропорту Сараево, отвезли в армейскую казарму и предъявили ему свои требования. Этого унижения Изетбегович не забыл. Было время, когда Изетбегович правил не страной, а всего лишь осажденным городом, отрезанным от страны. Его резиденция в Сараево была главной целью сербской артиллерии. Чтобы покинуть город, ему нужно было разрешение и помощь ООН.
Ощущая слабость своей власти, Изетбегович был в принципе готов пойти на конфедерацию с Сербией и Черногорией, когда распадалась единая Югославия. Но президент Слободан Милошевич занял, видимо, жесткую позицию: или входите в новую Югославию, или отдавайте сербские земли. Тогда и началась война в Боснии.
Лидеры Боснии, верно, опасались, что мир уже фактически согласился с идеей полураспада страны на две части, одна из которых — Сербская Республика — изначально получила бы право на особые отношения с Югославией, то есть с Сербией.
Мусульмане — босняки пытались сохранить единое государство, понимая, что шансов на это немного. Руководители боснийского правительство более всего желали получить международные гарантии сохранения территориальной целостности республики, чтобы мировое сообщество подтвердило: Босния — единое государство.
Тем более, что опасность для Боснии исходила не только от сербов, но и от хорватов. Хорваты — меньшинство в республике, и они долго не могли решить, чью сторону им выгоднее принять. Союз с мусульманами казался естественным. Но населяющие Западную Герцеговину хорваты, известные своим упрямством и честолюбием, объявили о создании непризнанной Хорватской республики — Херцег-Босны и попытались заодно подчинить себе и мусульманские анклавы.
Ассамблея боснийских хорватов приняла резолюцию, в соответствии с которой земли, отвоеванные хорватами, должны стать частью не единого государства Босния и Герцеговина, а хорватской республики Херцег-Босны. Они получали деньги и оружие от Туджмана и готовились присоединиться к Хорватии. Лидером хорватской общины был Мате Бобан, поэтому его республику называли «бобанистаном». А министр обороны Хорватии Гойко Шушак, тоже выходец из среды радикальных герцеговинских хорватов, убеждал своего президента Франьо Туджмана договариваться о разделе Боснии напрямую с президентом Сербии Слободаном Милошевичем.
Боевые действия вело так называемое Хорватское вече обороны. Начальником Генерального штаба был молодой хорватский генерал Тихомир Блажкич. Он принадлежал к числу бесконечно жестких и воинственных герцеговинских хорватов, которые контролировали не только свою маленькую мифическую республику, но и Министерство обороны большой Хорватии. Именно герцеговинские хорваты изначально отказались от поиска мирного решения всех проблем с соседями.
Хорватия — единственный союзник Боснии. Но босняки чувствовали себя неуютно с таким другом. Хорватия даже не старалась скрыть свои территориальные притязания.
Когда хорватские войска выбивали сербов из какого-то боснийского города, то они не пускали мусульман в город. Но бои с мусульманами закончились для малочисленных хорватов плачевно. Хорваты потерпели поражение, потеряв наиболее развитые территории на севере и в центральной части республики, где жили две трети всего хорватского населения Боснии и Герцеговины. Неудачливого молодого генерала Тихомира Блажкича принесли в жертву. Он, одним из первых, оказался на скамье подсудимых в Гааге.
Президент Хорватии Франьо Туджман и президент Сербии Слободан Милошевич считали Боснию искусственным государством, созданным Габсбургами только для того, чтобы поддерживать вражду между сербами и хорватами. Оба президента не просто надеялись увеличить свои республики за счет территории Боснии и Герцеговины. Они еще не хотели, чтобы рядом с ними появилось исламское государство. И хорватские, и сербские политики исходили из того, что Босния — это троянский конь мусульманского мира, что исламисты, используя Боснию как плацдарм, намерены завоевать Европу. Оба президента говорили об исламской угрозе в одних и тех же словах.
Президент Боснии и Герцеговины Алия Изетбегович как-то признался, что выбор между Милошевичем и Туджманом можно сравнить с выбором между лейкемией и опухолью мозга. Тем не менее, Туджман и Изетбегович делали вид, что они — союзники в борьбе против сербов. Босняки, боснийские мусульмане, торопились захватить как можно больше территории. Они надеялись этим показать, что они существуют как нация и что они имеют право на свое государство.
Единая Босния сохранилась лишь благодаря энергии ее президента Алии Изетбеговича. Он не хотел, чтобы управляемая им страна уменьшилась вдвое, и категорически возражал против раздела республики по этническому принципу.