23 августа 1844 года Салтыков был зачислен в канцелярию военного министра, а через два года, в августе 1846-го, получил там место помощника секретаря и, конечно, не думал, что скоро ему предстоит проститься с Петербургом и отправиться на службу в Вятку. Причиною последнего была тоже литература, к которой его продолжало тянуть. Первыми его произведениями были рецензии некоторых новых книг в отделе библиографической хроники «Отечественных записок» (преимущественно учебников и для детского возраста). До 1846 года отделом этим заведовал Белинский, потом, до половины 1847-го, главную роль играл в нем Валерьян Майков, а после его смерти дело велось, по-видимому, коллективно. В 1847 году, в ноябрьской книжке тех же «Отечественных записок», была напечатана первая повесть Салтыкова «Противоречия» под псевдонимом «М. Непанов», посвященная В. А. Милютину, родному брату Николая и Дмитрия Алексеевичей. В. А. Милютин и В. Майков, оба рано умершие, были талантливыми и многообещавшими молодыми писателями, первый – в области политических и социальных наук, второй – в критике. Салтыков вспоминал о них не раз, когда заходила речь о том времени.
Первому своему беллетристическому опыту он не придавал серьезного значения и не включал повесть «Противоречия» ни в одно из изданий своих произведений, не исключая и последнего, которое хотя и вышло уже после его смерти, но состав которого был точно определен им самим. Затем в марте 1848 года появилась в «Отечественных записках» вторая его повесть, «Запутанное дело», которая и послужила поводом к высылке его в Вятку. Может быть, этого и не случилось бы, если бы не произошло во Франции февральской революции и мартовского движения в Германии, потому что основная мысль повести – сочувствие бедным и униженным – только с большой натяжкой могла быть истолкована в смысле прямого и непозволительного порицания общественного строя. К этому присоединилось еще то, что находили некоторое сходство между действительными лицами и изображенными. В повести усматривалось влияние Ж. Санд и других французских писателей, проповедовавших свободу и социалистические учения и распространением идей которых главным образом объяснялось революционное брожение в Европе.
Согласно биографическому очерку «Русской библиотеки», просмотренному и одобренному самим Салтыковым, было обращено особое внимание на обе его повести, хотя они и были пропущены цензурой и не имели его подписи (вторая была подписана только инициалами М. С.). Очень возможно, что были приняты в соображение обе повести, но главные пункты обвинения все-таки были направлены против второй. Сам Салтыков говорит: «В марте месяце я написал повесть („Запутанное дело“), а в мае уже был зачислен в штат вятского губернского правления». Само же дело происходило так: «Надо же было случиться, – говорит г-н Скабичевский, – чтобы одним из первых распоряжений комитета было строгое замечание военному министру за цензурные неисправности в „Русском инвалиде“. Это обстоятельство вооружило графа Чернышева против литераторов, и, как нарочно, в то время как граф Чернышев находился еще под впечатлением полученного им замечания, явился к нему Салтыков как подчиненный проситься в отпуск…» Упустивши совсем из виду, что чиновник его занимается литературой, граф Чернышев тут только вспомнил об этом и спросил Салтыкова: «Вы, кажется, в журналах пишете?» На утвердительный ответ граф Чернышев потребовал, чтобы он представил ему свои сочинения, а потом, мол, «мы и посмотрим, можно ли вас отпустить…» Салтыков представил ему свои два рассказа, а тот поручил Н. Кукольнику написать о них доклад. Заклятый враг натуральной школы, Кукольник представил ему такой доклад, что «граф Чернышев только ужаснулся, что такой опасный человек служит в его министерстве», и тотчас же препроводил доклад в бутурлинский комитет, а Салтыкова уволил из министерства.
28 апреля 1848 года он был отправлен в Вятку.