В конструкцию «Берты» были внесены четыре основных усовершенствования: установлен другой двигатель, изменены капот, фонарь кабины экипажа, задняя часть фюзеляжа и громоздкие обтекатели основного шасси. Прототипом этой модели стал Ju 87.V6, для постройки которого использовали планер одного из серийных Ju 87А-1.
Машину оснастили двигателем Jumo 2 1 1 А, развивавшим на взлете мощность 1000 л.с. (746 кВт). Капот был также переделан, в верхней его части появился асимметричный воздухозаборник маслорадиатора. Расположенный под двигателем большой жидкостный радиатор в форме полумесяца получил вертикальные жалюзи (на модели А были горизонтальные). Воздухозаборник нагнетателя увеличили и перенесли на правую сторону капота (на машинах модификации А он размещался на капоте сверху). Конструкция хвостовой части фюзеляжа была переделана и усилена; снова увеличена площадь вертикального оперения.
Основное шасси с подкосами и громоздкими кожухами-«штанами» было переработано, его конструкция упростилась. Теперь колеса и амортизационные стойки были закрыты обтекателями меньшего размера, состоящими из двух элементов. Продольные и поперечные подкосы исчезли. Полностью была перепроектирована двухместная кабина, а также фонарь. Подвижные секции фонаря над местами членов экипажа сделали сдвигаемыми по направляющим назад. Пулемет MG 15, защищающий заднюю полусферу, разместили в более удобной для стрелка шаровой установке на вращающемся «линзовом лафете», что позволило также увеличить углы обстрела. До этого в задней части фонаря была лишь амбразура.
Оборудование кабины также улучшилось. Старый бомбовый прицел Stuvi был заменен Revi С/12С, который можно было использовать как при бомбометании, так и при стрельбе из неподвижного курсового пулемета MG 17. Стрелок- радист получил радиостанцию FuG VIIа.
Вслед за прототипом Ju 87.V6 были построены опытные машины Ju 87.V7, V8 и V9. Все они использовались для усовершенствования будущей серийной «Берты», а также для испытаний двигателя Jumo 211А. Десять предсерийных машин Ju 87В-0 были изготовлены в Дессау для войсковых испытаний. С двигателем взлетной мощностью 1 000 л.с. «Штука» теперь могла нести на трапеции 500-кг бомбу, будучи укомплектованной экипажем из двух человек.
Кроме того, на левой консоли установили второй пулемет. Машину оснастили также четырьмя крыльевыми держателями ЕТС 50, что давало самолету возможность нести еще четыре 50-кг бомбы (в этом случае на подфюзеляжном держателе подвешивалась 250-кг бомба). Новая модификация обладала более высокой скоростью, но из-за увеличившейся массы машины сократилась дальность. Самолет был оснащен двигателем Jumo 211А-1 взлетной мощностью 1 000 л.с. Мотор был оборудован системой непосредственного впрыска топлива.