В августе 1958 года Ю. Андропов представил в Политбюро записку по поводу обострения советско-германских отношений. Оба немецких государства тогда еще не входили в ООН, ФРГ стала членом НАТО, а ГДР — участницей организации Варшавского договора. Граница в Берлине носила достаточно условный характер, для пересечения ее не требовалось особых документов, и, пользуясь этим, многие квалифицированные специалисты, ученые, рабочие уходили в ФРГ, где уровень жизни был более высоким. Такая утечка мозгов и рабочих рук всерьез беспокоила Андропова.
«В последнее время значительно увеличился уход интеллигенции из ГДР в Западную Германию. Если общее количество населения, ушедшего в последнее время из ГДР, несколько снизилось, то количество переходов на Запад интеллигенции по сравнению с прошлым годом увеличилось на 50 %. За первые 6 месяцев этого года из республики ушло 1000 учителей, 518 врачей, 796 чел. из числа технической интеллигенции… В республике уже начинает ощущаться острый недостаток различных специалистов, технической интеллигенции и особенно врачей… Из заявлений самих перебежчиков видно, что их уход объясняется не столько материальными причинами, сколько политическими… Большая часть интеллигенции выражает свое несогласие с решениями ЦК СЕПГ об обязательном изучении интеллигенцией диалектического материализма и о социалистической перестройке высшей и народной школы. Вместо постоянной кропотливой работы с интеллигенцией… партийные организации… допускают грубое командование и окрик».
В документе содержался и целый ряд рекомендуемых мер, однако, несмотря на визы ознакомившихся с текстом секретарей ЦК, проблема продолжала обостряться, никаких действий, кроме беседы с В. Ульбрихтом,[22] предпринято не было вплоть до «берлинского кризиса» 1961 года, когда возвели высокую стену с колючей проволокой, несколькими пропускными пунктами, ввели спецпропуска. По обе стороны стены стояли американские и советские танки. Позднейшие попытки таких публицистов, как С. Семанов, приписать инициативу возведения «берлинской стены» персонально Андропову несостоятельны: то была личная инициатива Хрущева, однако Андропов против такого решения не возражал.
Кроме советско-китайского конфликта и создания «берлинской стены» нарастали противоречия и с другими компартиями — Италии, Румынии, Албании. Видя это, отделы, возглавляемые Б. Пономаревым и Ю. Андроповым, выдвинули инициативу провести Международное совещание коммунистических и рабочих партий и активно готовили его. В ноябре 1960 года в Москву прибыли делегации 81 страны мира. Однако полная стенограмма совещания не публиковалась, что свидетельствовало о серьезных внутренних разногласиях. Были обнародованы лишь общие и декларативные документы — Заявление компартий и Обращение к народам мира. Конфликты и противоречия в мировом коммунистическом движении обострились уже на следующий год, когда разразился Карибский кризис, поставивший СССР и США на грань не холодной, а самой настоящей «горячей» — термоядерной войны.
В начале 1962 года Андропов становится секретарем ЦК КПСС, а В. Крючков — его помощником.
Выдвигая Андропова, Хрущев посетовал: