На следующий день Надя и его группу под конвоем отправили в Румынию. Первоначально их разместили в отдельных коттеджах на курорте в Сагове, других членов группы в правительственном доме отдыха. Они находились под надзором румынских сотрудников госбезопасности. Румыны с удовольствием содержали Надя и других венгров под охраной, потому что у них были проблемы с собственными венграми в Трансильвании. Там начались волнения в знак солидарности с событиями в Венгрии. Несколько сотен венгров румынские власти судили.
В конце марта 1957 года положение Надя и остальных венгерских политиков изменилось. Они были взяты под арест и переведены в одну из бухарестских тюрем. 17 апреля их вернули в Венгрию. Новый руководитель страны Янош Кадар не сдержал своего слова. Первоначально он говорил лишь о политической ответственности Надя, потом пошла речь о суде. С обвинительным заключением в Москве ознакомился Андропов, уже в роли руководителя отдела ЦК КПСС. Он попросил усилить раздел о связях Имре Надя с Западом.
Судя по всему, Хрущев не желал смерти Надя. На заседании президиума ЦК 5 февраля 1958 года заметил: «Проявить твердость и великодушие». Говорят, Хрущев предлагал назначить Надя преподавателем в провинциальный институт. Но Кадар хотел избавиться от Надя. Если бывший глава правительства останется жив и когда-нибудь выйдет на свободу, то в каком положении окажется Кадар?
Суд несколько раз откладывался по просьбе Москвы и был устроен в момент нового обострения отношений с Югославией. 15 июня 1958 года на закрытом процессе Имре Надь, его министр обороны Пал Малетер, известный публицист Миклош Гимеш были приговорены к смертной казни. На следующий день приговор привели в исполнение.
Один из обвиняемых умер в заключении до суда. Остальные получили разные сроки тюремного заключения. Заместитель командующего национальной гвардией Шандор Копачи был приговорен к пожизненному заключению.
Надь отказался просить о помиловании. Говорят, что Кадар сам присутствовал во время казни, лотом позвонил Хрущеву, рассказал, что приговор приведен в исполнение. Тут было и личное: Кадара когда-то сильно мучили в тюрьме. Он считал Имре Надя виновником своих страданий...
Бывший корреспондент «Правды» в Венгрии Владимир Герасимов пишет, что новый руководитель страны ненавидел Надя, который когда-то согласился с арестом Кадара, тогда заместителя министра внутренних дел. Нужен ли ему был свидетель трагической осени 1956-го (Независимая газета. 1998. 20 октября)? Имре Надя и других, расстрелянных в июне 1958 года, похоронили в безымянной могиле на будапештском кладбище, участок № 301.
Председатель КГБ Серов дал указание особым отделам дивизий, вступивших в Венгрию, арестовывать всех организаторов мятежа, оказывающих сопротивление, а также тех, кто «подстрекал и разжигал ненависть народа к коммунистам и сотрудникам органов госбезопасности». Масштабы арестов были таковы, что даже Кадар пожаловался на то, что советская госбезопасность задерживает рядовых участников повстанческого движения. Серов хладнокровно ответил, что действительно «могут быть арестованы отдельные лица, не принадлежащие к перечисленным категориям. Поэтому все арестованные тщательно фильтруются, тс, которые не играли активной роли в мятеже, освобождаются».
Серов доносил в Москву, что «по ряду областей руководящие работники обкомов партии и облисполкомов чинят препятствия в аресте контрреволюционного элемента, принимавшего руководящее участие в выступлениях».
Кадар обратился к советским эмиссарам с просьбой освободить бывшего заместителя премьер-министра Ференца Эрдеи. Глава правительства Венгрии ручался, что академик Эрдеи — не контрреволюционер.
Серов доложил в Москву: «Считаю, что делать уступки в JTHX вопросах не следует, так как практика показывает, что малейшая уступка реакционерам влечет за собой ряд дополнительных требований и угроз».
Кадар пришел в ужас, когда по стране распространились слухи о том, что арестованных венгров отправляют в Сибирь.
Председатель КГБ Серов и посол Андропов объяснили Москве: «Небольшой эшелон с арестованными был отправлен на станцию Чоп. При продвижении эшелона заключенные на двух станциях выбросили в окно записки, в которых сообщали, что их отправляют в Сибирь. Эти записки были подобраны венгерскими железнодорожниками. По нашей линии дано указание впредь арестованных отправлять на закрытых автомашинах под усиленным контролем».
Заместитель министра внутренних дел СССР Михаил Николаевич Холодков, который прибыл в Ужгород для приема арестованных, доложил в Москву: Серов сообщил, что арестованных будет четыре-пять тысяч человек. Помимо них поступило несколько десятков несовершеннолетних в возрасте от четырнадцати до семнадцати лет, в том числе девять девочек. На большинство арестованных не было надлежаще оформленных документов, неясно, за что их арестовали.