На созванном в Москве экстренном совещании с участием руководства Украинского НКВД союзный министр госбезопасности Виктор Абакумов объявил о начале операции «Берлога», цель которой было полное искоренение бандеровского подполья на западе Украины. Кроме регулярных армейских частей ключевую роль в её проведении должны были сыграть небольшие мобильные группы, каждой из которых придавалось подразделение внутренних войск по 50–70 бойцов. С помощью агентуры эти опергруппы предварительно отслеживали конкретного главаря подпольного отряда, находили его схрон и превращали личную крыивку в могилу.
— У нас нет ни времени, ни желания, ни сил на всякие судебные проволочки, — инструктировал командиров министр. — Живыми врагов не брать. Ну и самим бойцам в плен бандеровцам лучше не попадаться. Ясно?
— Так точно.
Так начался планомерный и безжалостный отстрел главарей бандеровского подполья.
12 февраля 1945 года оперативно-разыскная группа Клеванского райотдела МГБ и 233-й бригады внутренних войск возле хутора Оржив обнаружила на снегу свежие следы и пепелище недавнего костра. Через 5 километров преследователи наткнулись на трёх бандеровцев. Один из них (как оказалось впоследствии — Клячковский (Клим Савур), один из основателей УПА) сразу кинулся бежать, а его «подельники» залегли и прикрыли его огнём. Но в завязавшейся перестрелке они были уничтожены, а командиру группы — молоденькому сержанту удалось снайперским выстрелом из карабина завалить самого Савура.
В декабре того же года советские и чехословацкие спецслужбы выследили и пленили на территории Чехии заместителя Шухевича — Дмитра Грицая (Перебейниса). После короткого допроса его профессионально удавили в пражской тюрьме. Другой заместитель командующего УПА Олекса Гасин (Лыцарь) в январе 1949 года во Львове, недалеко от здания почтамта напоролся на засаду чекистов и был наповал сражён автоматной очередью.
В Подмосковье было организовано несколько баз подготовки кадров для борьбы с западноукраинскими «лесными братьями». По линии территориальных органов МГБ создавалась разветвлённая агентурная сеть. Выдавая себя за дезертиров, мирных жителей, «пострадавших от чекистов и сочувствующих идеям национализма», в редеющие отряды ОУН успешно внедрялись вчерашние курсанты. Они же под видом боевиков-бандеровцев, совершающих рейды и уходящих от преследований пограничников, вступали в контакт с формированиями УПА и становились «настоящими казаками». Затем, в зависимости от оперативной обстановки, пытались склонить боевиков к прекращению сопротивления, выходу из леса и явкам с повинной. Если это не удавалось, отряд полностью уничтожался.
Мало было физически истребить бандеровцев, не менее важной представлялась задача по дискредитации националистического движения в целом. Мудрецы из агитпропа ЦК ВКП(б) придумали универсальное клеймо для всех членов ОУН — «украинско-немецкие националисты». Первым применил это определение член политбюро ЦК компартии Украины Дмитрий Мануильский. Выступая в начале 1945 года перед учителями освобождённых областей, он перечислил кровных врагов Советской Украины: «наглые тевтонцы, алчные мадьяры, чванливая польская шляхта, татарские орды и турецкие янычары, украинско-немецкие националисты».
Успешно обезглавив подполье, эмгэбэшники почувствовали себя абсолютными хозяевами положения, в полной мере подтвердив наблюдение классика, что любая власть развращает, а абсолютная развращает абсолютно.
В своей докладной записке 15 февраля 1949 года на имя первого секретаря ЦК ВКБ(б)У товарища Н. С. Хрущёва военный прокурор войск МВД Украинского округа полковник Кошарский вынужден был указать на «факты грубого нарушения советской законности в деятельности т. н. спецгрупп МГБ»: