Горбачевская перестройка нашла свое отражение не только в жизни страны, но и в футболе. В конце 1980 — начале 1990-х годов советские клубы, как и Федерация футбола СССР, стали обретать самостоятельность. Если прежде притягательность клуба для футболистов определялась в первую очередь уровнем его популярности, то теперь на первый план все больше выходила финансовая состоятельность. И сразу стала ощутимой насущная потребность в специалистах, сочетавших в себе знание футбола с организационным талантом, умением управлять финансами в новых условиях свободного рынка. Только где было их взять — института спортивных менеджеров в то время у нас еще не существовало. Первыми председателями-президентами футбольных клубов становились или умудренные опытом производственники, или, чаще всего, признанные спортивные функционеры. Однако наступившие времена настоятельно требовали новых подходов к работе с клубами, руководителей нового типа. Билет в первую лигу, выписанный «Локомотиву» последним чемпионатом СССР, был аннулирован развалом Советского Союза. Железнодорожники оказались среди участников новообразованного чемпионата России по высшей лиге. Тем не менее провал команды в предыдущем сезоне все еще оставался бередящей раной для некоторых железнодорожных руководителей, намекавших Сёмину, что с Филатовым не мешало бы расстаться. Однако не в его правилах бросать в беде друзей, даже если беду накликали они сами.
«Наше знакомство давнишнее, играли друг против друга в разных командах, — объяснял он. — Валера левым полузащитником, я — правым. После матчей встречались. Как-то вместе съездили в отпуск. И пошло, и пошло...»
Если садишься за один стол с человеком, по милости которого у тебя ноги в зеленке, еще ноют от столкновений с ним на поле, то эта дружба должна быть навек. Так оно и казалось. Филатов видел: друг его бьется с ним, что называется, до крови, но честно, открыто, без камня за пазухой, и все, что происходило на футбольном поле, за его пределами не имело для них никакого значения.
И вместо увольнения вновь приступивший к своим обязанностям главный тренер предложил временному предшественнику... повышение в должности — возглавить Футбольный клуб «Локомотив». К тому времени Филатов успел проявить предпринимательскую жилку в мелком бизнесе, теперь же ему предоставлялась возможность заявить о себе как о крупном хозяйственнике. Сёмин и сам мог встать во главе клуба, совмещать президентскую и тренерскую должности, как потом поступил в «Спартаке» Олег Романцев. Но считал, как говорят швейцарцы, что «коза должна пастись у того кола, к которому привязана». А самой большой привязанностью Сёмина была тренерская работа. Буквально за руку он водил кандидата в председатели ФК «Локомотив» по высоким министерским и управленческим кабинетам, в которых сам уже не первый год слыл человеком уважаемым, более того — всегда желанным.
Планов по устройству нового клуба было громадье, и, конечно, лейтмотивом многих из них в условиях нагрянувшей свободы предпринимательства звучала полная самостоятельность, отделение от отцов-прародителей — Министерства путей сообщения и Московской железной дороги. Тем более что спонсоры для нового клуба быстро нашлись, а некоторые высокие руководители железнодорожных ведомств начали урезать клубу бюджетные ассигнования. Соблазн был велик, но Сёмин ему не поддался и приобрел себе верного союзника в лице начальника Московской железной дороги Ивана Паристого. Время подтвердило их правоту. Спустя всего пять лет Сёмин публично подчеркивал:
«В наших достижениях — большая заслуга руководства Московской железной дороги. Ее начальник Иван Леонтьевич Паристый не мыслит свое хозяйство без футбольной команды. Одно время нам предлагали создать независимый футбольный клуб. Иван Леонтьевич на это не пошел, да и мы были против. Как "Ювентус" не уходит от концерна FIAT, так и мы накрепко связаны с Московской железной дорогой, являемся одним из ее подразделений. Если тяжело в клубе, знаем, что есть "отец родной", который придет на выручку в беде, хотя и строго спросить может».
Частное предпринимательство нередко тоже оказывалось неравнодушно к футболу. Шефом «Локомотива» на какое-то время стала еще и корпорация «Виктор».
«С руководителем компании Виктором Дрожжиным мы дружили давно, — объяснял Сёмин. — И его готовность помогать клубу финансово, естественно, воспринимали с благодарностью. Бывало, он выплачивал игрокам премиальные из собственного кармана, а по окончании сезона 1993 года подарил нам с Филатовым по машине. Меценаты тогда помогали не только "Локомотиву", но и другим известным клубам, такое было время».