Ветер перемен, поднявшийся в обстановке перестройки и гласности, способствовал выходу наружу и резкому обострению давних этнических конфликтов, до этого в скрытой форме тлевших на окраинах Советского Союза. В стране усилились центростремительные тенденции, в национальных республиках обострились сепаратистские настроения. Всё это давало мощный козырь антиперестроечным силам, жаждущим наведения «порядка».
17–18 декабря 1986 года — волнения на этнической почве в столице Казахстана Алма-Ате. Погибли три человека.
6 июля 1987 года — демонстрация крымских татар на Красной площади в Москве с требованием разрешить им вернуться в Крым, откуда они были насильственно выселены в годы Великой Отечественной войны.
28–29 февраля 1988 года — антиармянские беспорядки в городе Сумгаите Азербайджанской ССР. Погибли 32 человека, ранены 197 человек. Начало армяно-азербайджанского конфликта из-за Нагорного Карабаха.
18 сентября 1988 года — вооружённое столкновение у села Ходжалы в Нагорном Карабахе между армянами и азербайджанцами. Через три дня в Нагорном Карабахе было введено особое положение, а в столицу автономии Степанакерт были введены войска.
Ноябрь 1988 года — новый виток армяно-азербайджанского конфликта. Массовый исход беженцев из обеих республик. Азербайджан покинули около 200 тысяч армян, из Армении депортировали 120 тысяч азербайджанцев. В Ереване было введено чрезвычайное положение.
9 апреля 1989 года — разгон подразделениями МВД и войсками Закавказского военного округа антиабхазского митинга в Тбилиси. Применялся слезоточивый газ. Погибли 19 человек. Сотни митингующих получили травмы.
3–15 июня 1989 года — погромы в Ферганской долине. В результате насилия узбеков над турками-месхетинцами только 4 июня погибли 103 человека, из них 52 турка-месхетинца и 36 узбеков.
13 июля 1989 года — вооружённые столкновения между таджиками и киргизами в таджикском городе Исфара.
15–16 июля 1989 года — вооружённые столкновения между абхазами и грузинами в столице Абхазии Сухуми. Погибли 11 человек, ранено 127.
13–20 января 1990 года — армянские погромы в Баку и других городах Азербайджана. Погибли 148 человек, 503 получили ранения. В Баку было объявлено чрезвычайное положение и введены войска. В столкновениях с армией погибли 130 человек и около 700 получили ранения.
10 февраля 1990 года — погромы в Душанбе, направленные против эвакуированных из Баку армян и всех живущих в городе нетаджиков. Погибли от 20 до 35 человек, более 500 получили ранения.
4 июня 1990 года — столкновения между киргизами и узбеками в Ошской долине Киргизии. Погибли 185 человек.
27 ноября 1990 года — Верховный Совет Чечено-Ингушской АССР принял «Декларацию о государственном суверенитете».
4 января 1991 года — грузино-осетинский конфликт в Южной Осетии. В течение года грузинские отряды были вытеснены из автономии.
12–21 января 1991 года — столкновения между населением и союзными силовыми структурами в Вильнюсе и Риге. Погибли 13 человек, в том числе один военнослужащий.
В октябре 1987 года на пленуме ЦК КПСС Ельцин выступил с резкой критикой в адрес Лигачёва и Горбачёва, публично заявив, что перестройка пока что ничего не дала населению страны. Это выступление хотя и предопределило снятие Ельцина с поста 1-го секретаря МГК, в одночасье превратило его в лидера антипартийной оппозиции, получившего мандат доверия не только членов партии, но и широких слоев населения.