«Челябинский указатель» нелегально распространялся по различным городам страны. Имеющиеся материалы показывают, что «Указателем» пользовались революционные кружки и отдельные лица в Петербурге, Москве, Казани, Нижнем Новгороде, Одессе и других городах. Полиция долгое время не обращала внимания на распространение этого издания, считая его официально разрешенным. Нелегальный характер «Указателя» был раскрыт полицией случайно. Так как Н. М. Зобнин находился в Челябинске на положении политического ссыльного, то вся его переписка перлюстрировалась. И вот в числе перлюстрированных писем в руки царских ищеек попало адресованное Н. М. Зобнину письмо одесского студента Н. М. Овчинникова. В этом письме сообщалось о распространении «Указателя» в Одессе. Власти, установив, что «Указатель» был издан нелегально, немедленно конфисковали и уничтожили оставшиеся нераспространенными экземпляры книги. Началось следствие по делу об «Указателе». К ответственности были привлечены Н. М. Зобнин, П. А. Голубев и ряд других лиц, участвовавших в составлении, издании и распространении «Указателя».
Но «Челябинский указатель» уже получил известность в кругах революционеров, с успехом использовался в различных революционных кружках. Так, например, один из участников революционного движения в Казани в 80-х годах М. Г. Григорьев в своих воспоминаниях рассказывает, что в 1888—1889 годах «Челябинский указатель» широко использовался в подпольных казанских кружках при организации ими работы по самообразованию
[7]. В начале своей деятельности «Челябинским указателем» пользовались и члены первого в России социал-демократического кружка Н. Е. Федосеева [8], о чем рассказывает сам Н. Е. Федосеев в одном из своих писем [9]. «Челябинский указатель» использовался также и в петербургском социал-демократическом кружке П. В. Точисского [10]. В ряде городов с «Челябинского указателя» делались рукописные и гектографированные копии. Так, например, в Москве полицией была обнаружена рукописная копия «Указателя», а в Петербурге — часть «Указателя», размноженная на гектографе.«Челябинский указатель» использовал и А. С. Деренков
[11], комплектуя свою нелегальную библиотеку в Казани. Об этом А. С. Деренков в своих воспоминаниях рассказывает следующее:«…Я достал «Челябинский каталог», руководствуясь которым делал отбор книг в свою библиотеку. Таким образом, скоро у меня составилась солидная библиотека в несколько сот томов.
Здесь было все, начиная с Белинского и Герцена и кончая Плехановым и Михайловским. Была марксистская литература (произведения Энгельса, «Капитал» Карла Маркса, т. 1, работы Плеханова), была революционно-демократическая: Чернышевский, Добролюбов, Писарев, Некрасов, Салтыков-Щедрин, была и народническая 70-х и 80-х годов и примыкавшая к ней литература, в том числе журнал «Русское богатство», и книги Глеба и Николая Успенских, Д. Н. Мамина-Сибиряка, Помяловского, Решетникова, Федорова-Омулевского, Златовратского, Гаршина и других.
Приходившая за покупками в лавочку учащаяся молодежь нелегально получала книги из моей библиотеки»
[12].Состав библиотеки А. С. Деренкова, таким образом, определяет и характер «Челябинского указателя», которым он пользовался.
Власти объявили «Челябинский указатель» опасной, крамольной книгой и жестоко преследовали за пользование им. Обнаружения «Указателя» было достаточно для ареста и привлечения к ответственности. Известно, например, что при аресте А. М. Горького 12 октября 1889 года в Нижнем Новгороде у него среди книг был обнаружен «Челябинский указатель». «Крамольная книга» была присовокуплена к «вещественным» доказательствам политической неблагонадежности писателя.