В Горыгорецком институте Стебут нашел в большом запустении коллекции сельскохозяйственного кабинета. Необходимо было пополнить и привести их в порядок. Министр Муравьев отпустил на это необходимые средства. По словам Стебута, министр выразился при этом, что «он для меня денег не жалеет, потому что знает, что употреблю их с пользой». «Мои занятия,— вспоминал Стебут,— требовали крайнего напряжения сил. Все утро я читал лекции или давал уроки в училище, после обеда и до поздней ночи сидел за обработкой лекций и другими письменными занятиями. Это еще более усилило мои невралгические страдания, начавшиеся в Иене».
Летом 1861 г. Стебут ездил в Киев на первый съезд естествоиспытателей, главным образом преподавателей естественных наук в различных гимназиях. Съезд собрался по инициативе К. Ф. Кесслера, в дальнейшем ректора Петербургского университета и председателя Петербургского общества естествоиспытателей. Он еще в 1856-г. представил проект устройства съездов естествоиспытателей (собственно, первый съезд естествоиспытателей и врачей состоялся в Петербурге в 1867 г.). «Я не был приготовлен к деятельному участию в съезде,— писал Стебут,— и ограничился сообщением программы вновь устраиваемого мною кабинета земледелия при Институте». По возвращении со съезда он совершил агрономическую поездку со студентами по Могилевской губернии.
В 1862 г. Стебута командировали на Всемирную выставку в Лондоне. Здесь он провел шесть месяцев. Все это время Стебут неустанно заботился о пополнении коллекций сельскохозяйственного музея в Петербурге и кабинете земледелия в Горках.
В феврале 1863 г. Стебут поехал в Петербург для сдачи магистерского экзамена. «Никогда не забуду,— вспоминал он,— этого пребывания в Петербурге, полного самых лучших впечатлений. Я был радушно принят в товарищеском кружке профессоров физико-математического факультета Петербургского университета, благодаря К. Ф. Кесслеру, с которым я познакомился в Киеве в 1861 г. во время съезда естествоиспытателей, и П. А. Ильенкову {14}
, с которым я познакомился во время его посещения Горыгорецкого института. Я посещал собрания этого товарищеского кружка у кого-либо из его членов, читавших рефераты по интересным для них вопросам. К этому времени относится и моя рецензия сочинениям М. А. Пузанова “О земледелии и скотоводстве в России”, которую я писал по поручению ученого комитета и за которую он избрал меня своим членом-корреспондентом. В этот же приезд в Петербург я участвовал в обсуждении в Ученом комитете экзаменационных правил, составленных советом Института (с моим участием) [...]Наконец, в этот приезд я возобновил знакомство с Н. И. Железновым{15}
, директором уже устраивавшейся Петровской академии. Он сказал мне, что, надеется, я не откажусь приехать в Петровское-Разумовское дать нужные указания об устройстве опытного поля Академии. Надобно сказать, что еще министр Муравьев, по мысли которого основалась Петровская академия, имел меня в виду для кафедры земледелия в ней. И мне давали понимать в министерстве, что рано или поздно я непременно буду в Петровской академии. Но Н. И. Железнов, которому было поручено приглашение профессоров в Академию, не желал меня и преимущественно как воспитанника Горыгорецкого института, против которого он был предубежден. Судьба насмеялась над ним — ему пришлось открыть Академию с 4 воспитанниками Горыгорецкого института: я, И. Н. Чернопятов, А. С. Есаков и Н. И. Барановский [...]Я уже кончил свой экзамен на магистранта и собирался возвратиться в Горки — это было в апреле 1863 г.,— как вдруг в Министерстве было получено известие, что Горки горят, зажженные польскими мятежниками, к которым примкнули и студенты Института и ученики училища — поляки. Я поспешно выехал из Петербурга в большой тревоге за оставленных в Горках отца и сестер. Но семью и всех институтских я нашел невредимыми, пострадал лишь город {16}
[...]Но злой рок готовил мне новое испытание. Во всем западном крае были открыты следственные комиссии по расследованию мятежа. В эти комиссии местные губернаторы получили право приглашать по их усмотрению членов. Таким образом, в Горецкую следственную комиссию попал и я». Стебут просил освободить его от участия в работе комиссии, но губернатор не согласился, мотивируя тем, что следствие должно распространиться на многих работников Института, которых он может лучше знать, чем кто-либо другой.
«Комиссия на целых два месяца поглотила мои силы, которые требовали отдыха, и в особенности досталось нравственным силам,— вспоминал Стебут.— Я должен был с председателем комиссии отправиться в Бобруйск, где содержались арестованные участники мятежа в Горках, и в Могилевскую губернию.