«До 1867 г.,— писал Стебут,— я воздерживался от всякой другой деятельности кроме преподавательской в Академии. Но по настоятельному желанию министерства, чтобы преподаватели Академии старались сблизить ее с обществом, я принял участие в работах Московского общества сельского хозяйства и 25 января 1867 г. был избран членом его. С этого времени моя деятельность принадлежала не одной только Академии, но и Московскому обществу сельского хозяйства. Уже осенью 1867 г. я был депутатом от Общества на съезде, состоявшемся при Петербургском собрании сельских хозяев, и прочитал на этом съезде доклад „Главнейшие основания для организации сельскохозяйственных школ”»{26}
.Московское общество сельского хозяйства, начав свою работу в 1820 г., оказало большое влияние на развитие сельскохозяйственной мысли в России в XIX и начале XX в. Забегая вперед, скажем, что в 1876 г. Стебут выступил в Обществе с докладом «О мерах для подготовления хороших управляющих имениями», в котором ставил вопрос об увеличении числа средних сельскохозяйственных учебных заведений и поднятии в них уровня преподавания, об организации низшего сельскохозяйственного образования и о практике в частных хозяйствах. В том же году он участвовал в обсуждении вопроса о лесоохранении и лесоразведении. Стебут доказывал, что введение опушек и лесных изгородей, имеющих целью защиту от ветров, должно быть обязательным, в виде натуральной повинности, и что учреждение опеки над частными лесами не является единственным способом лесоохранения и что более верная мера—экспроприация лесов, имеющих государственное значение. Кроме выступления с рядом докладов (о конкурсе зерносушилок, о повреждении хлебов гессенской мухой и др.), Стебут принимал участие в делах Земледельческой школы и Бутырского хутора. Именно по его предложению было учреждено Товарищество, состоящее из 10 членов Общества, которому отдавалось в аренду хуторское хозяйство. В число членов Товарищества в 1868—1872 гг. входил и Стебут.
В начале 1866 г. у Стебута обострилась невралгия. Это побудило его просить о летнем отпуске. «Я должен был ограничиться поездкой на морское купанье в Одессу,— вспоминал Стебут.— Но непостоянство температуры морской воды около берегов Одессы и бывшая в то время в Одессе холера еще более расстроили мои нервы.
Лето 1867 г. я должен был провести в Академии и в течение двух месяцев исполнял должность директора Академии. В 1868 г. я напечатал в журнале „Сельское хозяйство и лесоводство” работу „Гипсование почвы” [...]
Здоровье мое было настолько дурно — я страдал страшными невралгическими болями,— что я вынужден был просить о заграничном отпуске для лечения минеральными водами и получил этот отпуск с 15 мая до 1 октября. Этой поездкой за границу я воспользовался для того, чтобы сделать несколько экскурсий по почвоведению около Потсдама и в Саксонии и побывал в Галле, где познакомился с Юлиусом Кдоном, директором сельскохозяйственного института. Пользование франценсбаденскими водами и морскими купаньями в Трувиле настолько укрепило меня, что в 1869 г. я повторил такой же курс лечения, получив заграничный отпуск с 2 июля по 1 октября. После этой поездки здоровье мое еще более улучшилось и я после очень удачного лечения холодной водой на несколько лет запасся силами, позволившими мне усилить несколько мою деятельность».
Примерно в то время в Московском обществе сельского хозяйства открылся, при деятельном участии Стебута, Комитет земледелия. Стебут ограничился в нем ролью товарища председателя. В работе Комитета главным образом участвовали профессора Петровской академии, в том числе П. А. Ильенков. «Заседания Комитета были довольно оживленные,— писал Стебут,— особенно когда вырабатывалось несколько докладов к съезду русских сельских хозяев, который должен был быть в 1870 г. С открытием Комитета я сделал в нем сообщение „О почвенных картах Деллеса, Бенигсена-Фердера и Лоренца”, в котором высказал свой взгляд на классификацию почвы и критически отнесся к существующим классификациям». Стебут дал в нем исторический обзор предложений по классификации почв и охарактеризовал карты окрестностей Парижа, Галле и карты Австрии. Он указывал на невозможность составления карт без предварительной разработки хорошей классификации почв. Это сообщение, напечатанное в 1869 г. в «Русском сельском хозяйстве», было упомянуто В. В. Докучаевым как первая и единственная статья в русской литературе по данному вопросу.