В 1936 году Академия начала подготовку к грандиозному мероприятию – Всемирному геологическому конгрессу, в рамках которого должна была работать и палеонтологическая секция. В начале сентября Ефремова выбрали учёным секретарём института. Иван Антонович, только что вернувшийся из Каргалы, вынужден был оставить почти всю собственно научную работу – написание статей, подготовку к печати научных сборников – и сосредоточиться на организационной деятельности: «бросить все дела и всеми силами вывозить институт»[135].
В Ленинграде тщательно упаковали и отправили в Москву бесценные экспонаты Палеонтологического музея, но в новой столице музею пока не находилось места. Ящики гнили в подсобках, вызывая в учёных чувство беспомощности и досады. Часть коллекции оставалась в Ленинграде.