К тому времени он уже в совершенстве освоил русский язык, великий князь поручил ему сверить с греческими оригиналами существующие переводы целого ряда богослужебных книг — Триоди, Часослова, праздничной Минеи, «Апостола». Ученому монаху сразу бросились в глаза многочисленные ошибки, допущенные прежними переводчиками и переписчиками, и он рьяно принялся за их исправление. «Ины богодуховные книги овых убо переведох, овых же исправив много перепорченных бывших от переписующих», — рассказывал он впоследствии. Однако сама мысль об исправлении текстов, долгое время считавшихся каноническими, у многих вызывала недоумение и неодобрение. Даже помощник Максима Грека, Михаил Медоварцев, признавался, что, когда он вносил в книги поправки, его «дрожь великая объяла, и ужас напал». Многие представители церкви обвиняли Максима Грека в том, что он «портит» древние книги, по которым «спаслись Святые Отцы Российские». Началась жаркая полемика между книжными людьми. Максима Грека поддержали нестяжатели. Вассиан Косой писал: «а до Максима мы по тем книгам Бога хулили, а не славили, не молили, а ныне мы Бога познали Максимом и его учением».
Не только по вопросу о богослужебных книгах разошелся Максим Грек со значительной частью русского духовенства. Человек строгих нравственных правил, Максим Грек открыто осуждал образ жизни многих духовных лиц и монахов. Невежество, лихоимство, распутство, суеверия вызывали у него искреннее негодование. В полемике между нестяжателями и иосифлянами Максим Грек безоговорочно принял сторону нестяжателей. Единомышленники Максима Грека стали видеть в нем учителя, преклоняясь перед его нравственным и научным авторитетом, иосифляне же видели в нем опасного противника.
Однако покровительство митрополита и великого князя служило Максиму надежной защитой, и до поры до времени он продолжал спокойно жить и работать.
Но тучи уже сгущались над его головой. Доверие и уважение, с которыми относились к ученому монаху великий князь и митрополит, у многих вызывали зависть и озлобление. На четвертом году пребывания Максима Грека в Москве на митрополичьем престоле сочувствовавшего нестяжателям Варлаама сменил убежденный иосифлянин — Даниил. Максим Грек и новый митрополит разошлись во взглядах по ряду религиозных вопросов, и Даниил обвинил его в ереси.
В это же время Максим Грек навлек на себя гнев и великого князя. Василий III искал у церкви поддержки своего решения развестись с бесплодной первой женой Соломонией Сабуровой и жениться на молодой Елене Глинской, чтобы иметь наследника. Большинство церковников одобрили намерение великого князя, и лишь немногие, в том числе и Максим Грек, объявили такое решение противным законам Божеским и человеческим.
В 1525 году состоялся Собор, на котором Максим Грек был осужден как еретик. В вину ему ставились и исправление текстов богослужебных книг, и сочинения, обличающие нравы духовенства. Максим Грек настаивал на своей правоте, приводя убедительные доводы, но предвзятые судьи осудили его. Он был сослан в Иосифо-Волоколамский монастырь — главный оплот иосифлян и заключен в темницу, «обращения ради и покаяния и исправления». Ему было запрещено заниматься литературным трудом и с кем-либо переписываться. Однако Максим Грек продолжал сочинять. Известен созданный им «Канон Молебен к Божественному и поклоняемому Параклиту (Св. Духу) воспеваемый», который он записал углем на стене своей темницы.
Такое поведение узника раздражало митрополита, и в 1531 году Максим Грек был вызван на новый соборный суд. На сей раз он признал, что в его переводах могли быть «некии малые описи», однако настаивал, что произошли они не от ереси или злого умысла, а случайно, из-за спешки, или даже «по излишнему винопитию». Но эти объяснения не смягчили митрополита Даниила, ненавидевшего ученого монаха и открыто сводившего с ним на Соборе личные счеты. Собор отлучил Максима от причащения Святых Тайн и в оковах отправил его в заточение в Тверской Отроч монастырь. После смерти митрополита Даниила условия, в которых находился узник, были несколько смягчены. Ему разрешили ходить в церковь и причащаться Святых Тайн. Кроме того, тверской епископ Акакий, сочувствовавший Максиму Греку, дал ему возможность заниматься литературным трудом.
Максим Грек провел в заточении более двадцати лет. О его освобождении и отпущении на родину просил сам Константинопольский патриарх, но его просьба оказалась тщетной.
Шло время. На российский престол взошел Иван Грозный, митрополитом стал Макарий. Максим Грек жаловался на свою участь и тому и другому, но царь оставил жалобу без ответа, а Макарий написал в письме: «узы твоя целуем, яко единого от святых, пособити же тебе не можем». Но в 1553 году он неожиданно был переведен из тверского заточения в подмосковный Троице-Сергиев монастырь по ходатайству тамошнего игумена — старца Артемия, который согласился принять игуменство только при условии, что в монастырь «на покой» переведут Максима Грека.