Арестованные в Новгороде «сообщники» Пимена в течение нескольких месяцев томились в Александровской слободе. Розыск шел полным ходом. Царь делил труды с палачами, проводя дни и ночи в тюремных застенках. Опальные подвергались мучительным пыткам и признавались в любых преступлениях. Как значилось в следственных материалах, «в том деле с пыток многие (опальные) про ту измену на новгородцкого архиепископа Пимина и на его советников и на себя говорили».
Полученные на Пыточном дворе материалы скомпрометировали многих высокопоставленных лиц в Москве.
Кровавый погром Новгорода усилил раздор между царем и верхами земщины. По возвращении из новгородского похода Грозный имел длительное объяснение с государственным печатником Иваном Висковатым. Ливонский хронист Бальтазар Рюссов так отзывался о «знатнейшем канцлере» царя: «Отличнейший человек, подобно которому не было в то время в Москве; его уму и искусству, как московита, ничему не учившегося, удивлялись все иностранные послы».
Иван IV, как говорили в Москве, любил старого советника, «как спасение души». Висковатый отважился на объяснение с Грозным после того, как опричники арестовали и после жестоких пыток казнили его родного брата. Он горячо убеждал царя прекратить кровопролитие, не уничтожать своих бояр. В ответ царь разразился угрозами по адресу боярства. «Я вас еще не истребил, а едва только начал, – заявил он, – но я постараюсь всех вас искоренить, чтобы и памяти вашей не осталось!» Дьяк выразил вслух настроение земщины, и это встревожило Грозного.
Оппозиция со стороны высших приказных чинов, входивших в Боярскую думу, явилась неприятным сюрпризом для царских приспешников. Чтобы пресечь недовольство в корне, они арестовали Висковатого и нескольких других земских дьяков и объявили их «советниками» Пимена. Так новгородский процесс перерос в московское дело.
Царские послы, отправленные в Речь Посполитую в 1570-1571 гг., должны были так объяснить причины казни Висковатого и Фуникова: «О чем государской изменник Курбский и вы, паны радные, с этими государскими изменники ссылались, о том Бог нашему государю объявил, потому они и казнены».
Грозный продолжал сражаться с Курбским. Но народу знать об этом не следовало.
Власти постарались внушить столичному населению, что главные дьяки земщины поддерживали изменнические связи с Польшей, Турцией и Крымом. Они якобы намеревались сдать полякам Новгород и Псков. Турок они убеждали послать войска к Казани и Астрахани, а крымцев подучили совершить набег на Русь, чем причинили огромный урон жителям Московии. Обвинения подобного рода должны были заглушить голоса тех, кто осуждал зверства опричнины.
В Речи Посполитой известие об измене Висковатого в пользу польского короля было воспринято с откровенной насмешкой. Литовский вице-канцлер Остафий Волович, направлявший деятельность литовской секретной службы в России, писал о казни Висковатого следующее: «…обвинив его, что к турецкому, татарскому и нашему государю расположен был. Не знаю об этих басурманах, но к государствам нашего Господина не благосклонен…» С кафинским пашой Висковатый вел тайную переписку по прямому заданию Ивана IV.
Суд над московскими дьяками завершился в течение нескольких недель. 25 июля 1570 г. осужденные по новгородскому делу были выведены на рыночную площадь, прозывавшуюся в народе Поганой лужей. Со временем полое место напротив Кремля стало называться Красной площадью.
Опричные приготовления предвещали необычное зрелище. Они смутили даже видавших виды людей. В центре площади была выстроена большая загородка, внутри которой опричники вбили около 20 кольев. К ним были привязаны бревна в виде поперечных перекладин. Место казни напоминало Голгофу. Возле одного из крестов пылал костер, и в большом пивном котле кипела вода.
Царь Иван явился на рыночную площадь на коне и в полном вооружении – «в доспехе, в шоломе и с копнем». При нем находился наследник и многочисленная вооруженная свита. За свитой следовало 1500 конных стрельцов. Они окружили площадь полукругом.
Приготовления к экзекуции и появление царя с опричниками вызвали панику среди столичного населения. Люди разбегались по домам. Такой оборот дела озадачил Грозного, и он принялся увещевать народ «подойти посмотреть поближе». Паника понемногу улеглась, и толпа заполнила рыночную площадь. Обращаясь к толпе, царь громко спросил: «Правильно ли я делаю, что хочу покарать своих изменников?» В ответ послышались громкие крики: «Живи, преблагой царь! Ты хорошо делаешь, что наказуешь изменников по делам их!» Всенародное одобрение опричной расправы было, конечно, фикцией.
Стража вывела на площадь примерно 300 опальных людей, разделенных на две группы.