В марте 1918 года, когда большевистское правительство переехало в Москву, оно разместилось в Кремле, и Вознесенский монастырь, в состав которого входил собор, был закрыт. А в апреле 1929 года, по инициативе коменданта Кремля Р. А. Петерсона, правительственная комиссия, в которую, в частности, входили К. Е. Ворошилов и А. Е. Енукидзе, постановила снести здания Чудова и Вознесенского монастырей, чтобы расчистить место для строительства военной школы ВЦИК. После этого сотрудники Оружейной палаты, спасая некрополь русских великих княгинь и цариц, перенесли их захоронения в подземную палату рядом с Архангельским собором Кремля. Там они хранятся и по сей день.
Одна из легенд, появившаяся на свет, как это ни странно, в середине XX века и кочующая по страницам многих исторических книг, гласит, что в августе 1929 года, впервые приподняв крышку белокаменного саркофага Марфы Собакиной, люди увидели ее нетронутые тлением тело и прекрасное лицо.
Т. Д. Панова по этому поводу пишет: «Трудно сказать, почему подобные слухи укоренились в среде историков. Сохранился дневник, в котором члены комиссии по вскрытию гробниц Вознесенского собора в 1929 году фиксировали все, что обнаруживалось в процессе изучения древних захоронений. Наверное, столь необычное состояние останков Марфы Собакиной потрясло бы их и нашло отражение в документе. Но в том-то и дело, что никаких биологических феноменов тогда не обнаружили — рассказы о них появились позже и являются, увы, только фантазией».
По словам той же Т. Д. Пановой, в саркофаге Марфы Собакиной, «кроме останков, был еще обнаружен хорошо сохранившийся головной убор — волосник, украшенный вышивкой, и уникальный стеклянный кубок итальянской работы на серебряном поддоне, не имеющий аналогов в музейных собраниях нашей страны».
В 1990 году ученые провели судебно-медицинскую экспертизу с целью обнаружить следы яда химического происхождения. Но в останках не было обнаружено следов ни мышьяка, ни ртути. По всей видимости, яд был растительного происхождения.
Т. Д. Панова развивает эту мысль: «Смерть ее была неестественной […] Эксперты-криминалисты проверяли ее останки на ртуть, на мышьяк, но этих ядов нет. Но ведь, как известно, извести можно было и грибочками… Многие яды растительного происхождения трудно поддаются химическому анализу. В то время отравители старались имитировать болезнь, чтобы не вызвать подозрений. Человек болел примерно две недели и умирал».
А вот что пишет по этому поводу профессор Р. Г. Скрынников: «В Москве толковали, что мать Собакиной передала дочери через одного придворного какие-то травки “для чадородия”. Вскрытие гробницы Марфы обнаружило поразительный биологический феномен. Царская невеста лежала в гробу бледная, но как бы живая, не тронутая тлением, несмотря на то, что пролежала под землей 360 лет. Достаточно было нескольких минут, чтобы лицо ее почернело и превратилось в прах.
В истории мировой медицины случаи такого рода хорошо известны, но причины явления недостаточно изучены. Что произошло с цветущей девицей на выданье, сказать невозможно. Может быть, ее нервная система не выдержала потрясения? А может быть, девица не умерла, а лишь впала в летаргический сон и ее похоронили живой?»
Аналогичную версию высказывает и писатель В. И. Елманов. В разговоре с корреспондентом сайта Liga-press он заявил: «Сразу оговорюсь, что я не претендую на роль первооткрывателя этой догадки, которая выдвигалась задолго до меня. Скорее всего, девушке действительно дали сильнодействующее вещество растительного происхождения, из-за чего у нее и появились все симптомы болезни, а затем наступила смерть, хотя последнее тоже далеко не факт. Не исключено, что Марфа из-за специфики препарата просто впала в летаргический сон и была заживо погребена. Во всяком случае, я являюсь сторонником именно последнего предположения, но как было на самом деле, сейчас, в связи с давностью лет, остается только гадать».
Но кому могло понадобиться устранение Марфы Собакиной? Неудачливым «конкурсанткам»? Боярам и прочему окружению царя? И для чего?