Летом 1865 года Крамской поехал в Нижний Новгород, где во время ярмарки устроил вместе с товарищами выставку картин членов Артели и других художников. Судя по письмам Крамского, эта выставка пользовалась большим сочувствием тогдашнего нижегородского губернатора Одинцова и привлекла массу публики, всегда падкой до всего нового и небывалого. Она должна считаться первым шагом к периодическим выставкам образовавшегося впоследствии Товарищества передвижников. Самым крупным произведением была здесь «Тайная вечеря» Те. По пути в Нижний Новгород Крамской случайно встретился у Тулинова с бывшим своим профессором Марковым, очень его любившим и предсказавшим, что из него выйдет колоссальный художник. В то время Марков был в большом горе. Он взял на себя живопись в куполе храма Спасителя в Москве и, будучи уже слишком стар, чтобы целый день стоять на лесах с запрокинутой назад головой, поручил эту работу художнику Макарову. Читатель помнит, что картоны для этого купола изготовлял Крамской, который, следовательно, имел полное право получить этот новый заказ; но в то время он был еще учеником Академии, и профессор не желал отрывать его от занятий, поручая ему работу в Москве, да кроме того, по собственному признанию, боялся его молодости и неопытности. Когда же были сняты леса и на плафоне оказалась «не живопись, а свинцовый карандаш», да к тому же исполнявший эту работу художник исчез, взявши вперед условленное вознаграждение, Марков пришел в отчаяние. «Не неприятности, а позор готовится на старости», – говорил он Тулинову, прося его уговорить Крамского приехать в Москву для переговоров об исправлении живописи на куполе. Но у Крамского были старые счеты с Макаровым, он не желал иметь с ним дело и отказывался. Однако при личной встрече слезы старика и неотступные его просьбы тронули Крамского, и он согласился. Пригласив двух товарищей, Венига и Кошелева, он заключил с Марковым формальный контракт, по которому брал за всю работу в куполе десять тысяч рублей и обязывался закончить ее к апрелю 1866. года. Впоследствии к условленным десяти тысячам Марков по случаю увеличившихся работ прибавил еще семь. «Трое товарищей, – говорит Тулинов, – поселились вместе на одной квартире, работали с утра до ночи даже и по праздникам, а вечера проводили у себя дома, причем Крамской почти все время читал, упершись в стол обеими руками (между прочим для того, чтобы дать отдых голове, почти в продолжение всего дня запрокинутой назад во время работы в куполе)». Любопытно, что в самый разгар работы Крамской заметил крупную ошибку в рисунке ног, но тотчас же нашел средство исправить ее ракурсами к великой радости Маркова, уже пришедшего в отчаяние. По окончании работ товарищи разделили между собой плату, составившую по вычете расходов и внесении процента в Артель около полутора тысяч рублей на каждого.
В конце шестидесятых годов Крамской также много работал карандашом и кистью, создавая преимущественно портреты. В 1868 году на академической выставке были представлены выполненные им портреты Н. И. Второва и г-жи Шперер; в 1869 году – портреты К. К. Ланца, художников И. И. Шишкина, А. И. Морозова (карандашом), М. Б. Тулинова, княгини Е. А. Васильчиковой, графа Д. А. Толстого; в 1870 году – разные работы карандашом и акварелью и акварельные портреты в натуральную величину великих князей Сергея и Павла и дочери графа Бобринского. Кроме того, в 1868 году Крамской получил заказ на изготовление для Московского Румянцевского музея копий с нескольких десятков портретов великих людей, над которыми работал около трех лет, распределяя свое время таким образом, чтобы по вечерам работать портреты, а дни посвящать «своим бедным сиротам-картинам». К концу, однако, ему пришлось отдавать этой работе и все свои дни. «Работаю теперь волом, – пишет он летом 1871 года художнику Васильеву, – и завтра, самое позднее послезавтра, кончу проклятых великих людей. Одурел: по три портрета в день!»
К 1868 году относится выход Крамского из рисовальной школы Общества поощрения художников. Оставив ее, он продолжал, однако, интересоваться работами своих учеников и учениц, посещал по их просьбе мастерские и своими советами продолжал влиять на их успехи. В последние годы жизни, когда, будучи уже болен, он иногда по целым неделям не мог выходить из дому, бывшие ученицы приезжали к нему на дом и привозили свои работы для просмотра. В числе его писем, напечатанных в сборнике, изданном А. С. Сувориным, помещена коротенькая записка к Е. М. Бем, из которой видно, как трогало его внимание к нему бывших учениц.