1890-ые для Товарищества передвижных художественных выставок были трудным периодом. В творчестве многих художников старшего поколения наметился кризис, в среде передвижников появились разногласия, которые могли бы стать причиной распада всей организации. Однако Шишкин оставался верным демократическим идеалам шестидесятых. Убежденный сторонник просветительской, идейно-художественной программы передвижников, активно участвовавший в ее претворении в жизнь, он писал: «Приятно вспомнить то время, когда мы как новички прокладывали первые робкие шаги для передвижной выставки. И вот из этих робких, но твердо намеченных шагов выработался целый путь, и славный путь, которым смело можно гордиться».
В начале XX века возникали различные течения и направления живописи, постоянно шли поиски новых художественных стилей, форм и приемов. Шишкин продолжал уверенно следовать по своему однажды избранному творческому пути, создавая жизненно правдивые, содержательные и типические образы русской природы.
В 1891 в Академии художеств состоялась персональная выставка Шишкина, на которой он представил более шестисот этюдов, рисунков и гравюр. Эти многочисленные работы еще раз подтверждали, что мастер владел искусством рисунка и гравюры так же свободно и легко, как живописью. Все произведения были необыкновенно реалистичны и тонко выписаны уверенной рукой автора.
В 1894 Шишкин вместе с Репиным преподавал в Высшем художественном училище при Академии художеств. Он очень ценил таланты, прекрасно чувствовал способности в своих учениках, умел их выделять и развивать. Одним из лучших живописец называл Валентина Серова — величайшего портретиста, внесшего неоценимый вклад в развитие русского портрета и пейзажа, нашедшего новые тончайшие средства художественной выразительности в изображении русской природы.
В среде молодых студентов Шишкин пользовался авторитетом и большим уважением. Воспитанники художника воспринимали его как мудрого, тонкого знатока русской природы. Этюды, рисунки и офорты мастера были настоящей «живой школой», о которой говорил Иван Крамской, высоко ценивший творчество своего друга.
Последней монументальной работой Шишкина является самая крупная по размеру картина «Корабельная роща» (1898, Государственный Русский музей, Санкт-Петербург). Сюжет композиции символизирует богатырскую русскую силу, несгибаемость и мощь народа. В основе пейзажа — этюды, выполненные Шишкиным в родных лесах на берегу Камы, где был найден идеал его живописи: сочетание красоты и величия. В настоящее время в Государственном Русском музее в Санкт-Петербурге хранится эскизный вариант полотна, имеющий авторскую надпись: «Корабельная Афонасовская роща близ Елабуги».
Написанная под живыми впечатлениями и эмоциями, картина поражает своей правдивостью и убедительностью. Реалистичность образа сочетается с типизацией и обобщением. В центре полотна — огромные стволы вековых сосен, щедро залитые солнцем. Вдаль уходит пространство бора, окутанное теплым манящим светом. От того, что верхушки деревьев срезаны, создается ощущение, будто они не помещаются на холсте, а потому кажутся еще более мощными. Вообще, этот прием «кадрирования» довольно часто встречается у Шишкина. Сосны так тонко написаны, что зрителю даже видны чешуйки на их коре. Этим монументальным произведением мастер еще раз доказал, что в знании пород деревьев и умении их изображать ему действительно не было равных.
Переброшенная через небольшой ручеек изгородь говорит о близком присутствии человека. Зеленоватые и едва заметные голубоватые отражения в воде, тени на деревьях, кусочек чистого неба — все придает картине некую живость, трепет, не нарушая при этом покоя. От жгучего солнца трава на поляне побурела, почва высохла. Благодаря разнообразно нанесенным мазкам, чувствуется, насколько пушиста трава, как сильно высох мох, как горяча от знойного солнца земля. В каждом сантиметре этой удивительной картины ощутима уверенная рука мастера.