В декабре 1899 года и в январе 1900 года Иван Васильевич все свое внимание обратил на укрепление связей между подпольными кружками и главным образом на конспирирование работы Екатеринославского комитета РСДРП. По дошедшим до Бабушкина отрывочным сведениям можно было подозревать, что в состав членов объединенного комитета пробрался провокатор: был арестован Меркулов, последовал арест еще ряда работников комитета и руководителей подпольных кружков, о деятельности которых знал лишь очень ограниченный круг лиц — члены комитета. Иван Васильевич предупредил своих ближайших товарищей о надвигающейся опасности, о необходимости подготовиться к возможному ночному налету полиции.
Друзья настойчиво советовали Бабушкину, как одному из самых видных членов комитета, временно покинуть город. Иван Васильевич оттягивал отъезд со дня на день, пока не получил с виду такое обычное маленькое письмо. Прочитав его, Бабушкин просиял и торопливо стал собираться в путь-дорогу.
— Еду, Паша! — с волнением сказал он Прасковье Никитичне в тот же вечер, показывая письмо: — К старому другу еду!.. Он из Сибири уже вернулся!
Между тем, получив новые сведения от провокатора, ротмистр Кременецкий приступил «к генеральной ликвидации»: две ночи подряд в рабочих районах Екатеринослава шли обыски и аресты по спискам, составленным провокатором, выдавшим почти весь комитет социал-демократов. Но комнату Бабушкина полицейские и жандармы нашли пустой.
Еще в ссылке В. И. Ленин упорно работал над программой партии, написав в конце 1899 года статьи «Проект программы нашей партии», «Попятное направление в русской социал-демократии». В. И. Ленин видел, что назрела необходимость связать между собой разрозненные, распыленные марксистские кружки и организации. Для объединения революционных сил, для выработки партийной программы, которую необходимо было принять на намечавшемся в ближайшем будущем II съезде партии, крайне важно было создать печатный орган — газету, которая мобилизовала бы все социал-демократические организации на борьбу за основные политические, идеологические и экономические вопросы.
Создать такую боевую, подлинно марксистскую, независимую от цензуры газету в условиях царской России, на территории полицейского государства было невозможно: неминуем провал всей организации, новые аресты и ссылки наиболее активных ее сотрудников и корреспондентов. Поэтому В. И. Ленин решил издавать газету за границей. В последний год сибирской ссылки В. И. Ленин разработал подробный план этой газеты. Для успешного выполнения этого плана требовался целый ряд организационных мероприятий. Возвратившись из ссылки, В. И. Ленин, со свойственной ему энергией начинает создавать опорные пункты будущей газеты, намечает сотрудников в ряде крупных городов (Уфе, Москве, Петербурге).
Поселившись в Пскове с 26 февраля 1900 года, В. И. Ленин начал устанавливать связи с социал-демократическими организациями окрестных городов. Он нелегально выезжал в Ригу к М. А. Сильвину для встречи с латышскими социал-демократами, в Петербург, в Нижний Новгород и другие города.
В марте — апреле 1900 года в Пскове В. И. Ленин провел совещание революционных марксистов с «легальными марксистами» (П. Б. Струве, М. И. Туган-Барановским) по вопросу об их содействии изданию газеты «Искра» и журнала «Заря».
В. И. Ленин считал возможным привлечь «легальных марксистов» к созданию газеты с целью получить при их содействии необходимые денежные средства для издания «Искры» и в конкретных исторических условиях использовать «легальных марксистов» как временных «попутчиков» в борьбе против самодержавия.
Внесенный на обсуждение В. И. Лениным проект программы газеты «Искра» и журнала «Заря» представлял собой четкий план борьбы за создание революционной марксистской рабочей партии.
Струве и Туган-Барановский после обсуждения проекта дали свое согласие поддерживать «Искру».
Но позднее, в декабре 1900 года, П. Струве потребовал, чтобы общеполитический отдел был организован не в «Искре», а в ежемесячном «Современном обозрении», причем руководство «Современным обозрением» было бы поручено ему. «Искра», по его мнению, должна быть чисто рабочей газетой и освещать вопросы только экономической борьбы рабочих.
В. И. Ленин отверг домогательства П. Струве и отстоял свою идею создания общерусского политического органа революционного пролетариата, каким должна быть «Искра».
В. И. Ленин решил прервать переговоры с П. Струве. Плеханов, знавший об этих переговорах, колебался и фактически делал новые и новые уступки либералам, за которых настаивали «легальные марксисты» в лице Струве.