После двухдневного пребывания в Москве 14 мая 1901 экспедиция прибыла на экспрессе в Иркутск, где участники задержались почти на неделю, решая дела с предметами первостепенной важности — оборудованием, провизией и, конечно же, разными сопроводительными документами.
Путь на возах до Качуга на верхней Лене занял два дня. Оттуда экспедиция прибыла через село Верхоленск в Жигалово, потом на лодках добралась до Усть-Кута и, в конце концов, достигла на пароходе Якутска.
Так как расстояние от Якутска до Среднеколымска было огромным — более 3000 верст — и добраться туда на лошадях представлялось возможным только с приходом лета, на начальника экспедиции легла задача по добросовестному обеспечению ее всеми необходимыми припасами, ведь путь пролегал в пустынных и малонаселенных местах, где на протяжении 300 верст часто можно не встретить ни единого человека. Потому требовалось купить у якутских кузнецов, знаменитых мастеров, несколько стальных инструментов, способных рыть мерзлую почву. Много времени заняла заготовка достаточного количества сахара и сушеного на воздухе мяса. Не забыли и теплые одеяла, рукавицы, ушанки, защитные сетки от комаров, которые летом истязают весь этот край. Экспедиция также была обеспечена разными предметами, нужными в качестве обменной платы.
По совету одного якутского купца, уже несколько раз проделавшего путь от Якутска до Среднеколымска, Герц заказал изготовление специальной складной лодки из кожи, которая в случае необходимости могла служить и как палатка.
Все закупленные и полученные припасы, и утварь упаковали в обтянутые кожей ящики или уложили в особые кожаные мешки, чтобы их не намочило дождем или водой при переходе через бесчисленные реки и ручьи. Для всех дел, связанных с лошадьми, был нанят специальный работник, чтобы экспедиция не тратила долгие часы для выменивания их на отдельных станциях и не заботилась о них во время пути. В качестве проводника Герц нанял местного интеллигентного якутского учителя, который один раз сопровождал исследователя Черского во время его путешествий.
Экспедиция Герца отбыла из Якутска лишь 20 июня 1901 из-за того, что пароход «Михаил», который мог ее доставить к станции Тандинская (
Путь вел через преимущественно болотистые места и до верхоянского хребта экспедиция добиралась довольно медленно; были дни, когда с самого раннего утра и до позднего вечера одолевали всего от 25 до 35 верст. К тому же начались сильные ливни, почва так размокла, что лошади брели по самое брюхо в воде и жидком иле.
Весьма опасным и героическим был переход через реку Тукулан; здесь бешеный поток забрал жизнь посыльного, доставлявшего экспедиции из Якутска приходящую почту с уведомлениями.
Зато когда миновали обрывистый верхоянский хребет, путь стал более проходимым, так что можно стало делать в день до 75 верст.
9 июля 1901 члены экспедиции добрались до Верхоянска, одного из холоднейших мест на свете, где температура зимой падает до -60 °C. Тяжелый путь длиной свыше 930 верст они преодолели вполне неплохо — всего за 19 дней.
В Верхоянске членов экспедиции весьма радушно принял тогдашний окружной исправник Б. Ф. Кочаровский, несший там службу уже более двадцати лет и являвшийся исключительным знатоком этих негостеприимных мест. Между прочим, он сообщил им, что продвижение экспедиции могло бы ускориться, если бы она разделилась на два отряда и один из них отправился бы в путь на несколько дней раньше другого. Исправник утверждал, что между Верхоянском и Среднеколымском не удастся достать лошадей для всех участников.
Герц с признательностью последовал этому совету. А поскольку он узнал, что из Среднеколымска уже четыре месяца нет никаких вестей, что означало очень плохое состояние дорог в бассейнах рек Индигирки и Колымы из-за плохой погоды, то решил без промедления отправляться дальше с первым отрядом. Доверив Пфиценмайеру вести остальных, Герц с двумя проводниками, шестью лошадьми и частью груза 11 июля выехал из Верхоянска. Он пообещал Пфиценмайеру на всех станциях до Среднеколымска все устроить так, чтобы другую группу экспедиции, более многолюдную и везшую с собой весь остальной груз, везде ждали в достаточном количестве отдохнувшие лошади. Он также сообщил ему, что когда достигнет Среднеколымска, сразу же отправится к Березовке, к местонахождению мамонта.