Все ложное было отметено, и К. А. Мерецков продолжал службу в Красной Армии, поднимаясь с одной должностной ступеньки на другую. Вскоре после окончания работы вышеупомянутого Военного совета при наркоме обороны он был назначен заместителем начальника Генерального штаба. Ему было присвоено очередное воинское звание «комкор». На этой должности Мерецков пробыл немногим более года. Затем ему предложили должность не штабного профиля – командовать войсками Приволжского военного округа. После непродолжительного командования этим округом он в феврале 1939 г. принял Ленинградский военный округ. Командовал данным округом К. А. Мерецков уже в звании «командарм 2-го ранга». В войне с Финляндией в 1939–1940 гг. Кирилл Афанасьевич командовал 7-й армией. За умелое руководство войсками армии он был удостоен звания Героя Советского Союза. В июне 1940 г. постановлением Совета Народных Комиссаров ему было присвоено звание «генерал армии».
После замирения с Финляндией К. А. Мерецков вновь занял пост командующего войсками Ленинградского военного округа, которым руководил до лета 1940 г., когда получил назначение заместителем наркома обороны (им стал С. К. Тимошенко, получивший звание Маршала Советского Союза). Участок его работы касался вопросов боевой учебы войск и подготовки командных кадров. Кирилл Афанасьевич с горячим желанием приступил к новой работе, однако обстановка с кадрами в высшем эшелоне сложилась так, что в конце августа 1940 г. он принял должность начальника Генерального штаба РККА.
Штабную работу К. А. Мерецков знал и любил. Поэтому за непродолжительный срок – пять месяцев – пребывания на посту начальника Генштаба он успел сделать многое. Но обстоятельства сложились так, особенно после стратегической игры в конце 1940 г., что высшее руководство страны приняло решение поставить на Генеральный штаб генерала армии Г. К. Жукова, а Мерецкова вернуть на его прежний участок работы – заместителя наркома обороны.
За короткий срок Кирилл Афанасьевич побывал в Киевском, Западном, Прибалтийском и Одесском военных округах, проводил все время в войсках, поднимая их по боевой тревоге, присутствовал на тактических учениях и командно-штабных играх. Свои наблюдения и выводы он докладывал наркому С. К. Тимошенко и нередко И. В. Сталину. Вечером 21 июня, в канун нападения немецко-фашистских войск на СССР, Кирилл Афанасьевич выехал в командировку в хорошо знакомый ему Ленинградский военный округ. Однако уже на второй день войны ему было приказано возвратиться в Москву, где он и был арестован 23 июня.
Итак, арестовали К. А. Мерецкова 23 июня 1941 г., а вот постановление на арест и обыск было подписано соответствующими должностными лицами только 5 июля, т. е. спустя две недели. Приведем этот документ, этот единственно сохранившийся из тех, что находились в его следственном деле.