В 1924 году Александр Каменка, глава фирмы «Фильм Альбатрос», дает Эпштейну возможность снять еще целый ряд фильмов - «Лев Моголов», «Афиша», «Двойная любовь», «Приключения Робера Макера. С 1926 года Эпштейн сам начинает финансировать собственные фильмы («Мопра», «Шесть и половина одиннадцати», «Трехстворчатое зеркало», «Падение дома Эшеров»), в которых много экспериментирует. Коммерческий провал этих фильмов и нежелание идти на компромисс с продюсерами вынуждают Эпштейна уехать из Парижа и заняться работой над документальным фильмом о Бретании, относящимся к лучшему, что создано им в кино. Время от времени Эпштейн создает и игровые фильмы «Человек с «Испано-Сюиза», «Хозяйка Ливанского замка». «Сердце бродяг» и т. д.
В 1935 году он пишет одну из своих лучших книг о кино «Фотогения невесомого». Во время оккупации Франции Эпштейна арестовывает гестапо, и лишь чудом, благодаря вмешательству Красного Креста, его удается спасти. После освобождения он посвящает большую часть времени преподаванию и теоретической работе. Эпштейн еще успел снять две короткометражки о Бретани и написать две книги: «Разум машины» (1946) и «Кино дьявола» (1947). Его смерть последовала 3 апреля 1953 года.
Главным полем теоретических и творческих опытов художника всегда было кинематографическое время. Связав понятие фотогении с движением и постоянно углубляя понимание этого феномена, он постепенно строит сложную теорию кинематографического пространства-времени, некоего изменчивого и текучего континуума, обратимого и относительного. Большое влияние на мысль Эпштейна оказала теория относительности Альберта Эйнштейна. В своих фильмах он постоянно экспериментирует с рапидом, крупным планом (изолятором времени пространства), в высшей степени прихотливыми формами монтажа. Он доводит до изощренности прием параллельного монтажа как способа конструирования двух переплетенных временных пластов. Понятно, что в 30-е годы и позже, когда на первый план выдвинулись проблемы звука и актера, работы Эпштейна не привлекали интереса и отчасти воспринимались как эстетические чудачества крупного мастера. Эпштейн стал жертвой мифа, в соответствии с которым его фильмы считались пережитками эстетизма 20-х годов. Французский киновед Филипп Одике справедливо отмечает: «Многие историки кино покраснели бы от стыда, если бы перечитали то, что они писали об Эпштейне, после того как взяли бы на себя труд пересмотреть его фильмы».