В декабре 1920 г., заполняя соответствующий пункт анкеты, он написал: «Глубоко убежден, что в недалеком будущем над нашей Родиной воссияет заря свободной трудовой жизни, и Советская Россия с почетом займет свое место среди остальных государств мира».
И хотя И. И. Кияшко при заполнении анкет был предельно осторожен и ничего не сообщал о своих родственниках, кроме жены, Нины Константиновны, находившейся на его иждивении, политика вмешивалась в его жизнь неоднократно и бесцеремонно. Но судьба, не без помощи добрых людей, его хранила.
При общей регистрации бывших офицеров по ходатайству заведующего областным отделом народного образования Иван Иванович Кияшко получил от особой комиссии особого отдела 9–й армии удостоверение о том, что к исполнению им служебных обязанностей в качестве заведующего отделением Архивной комиссии препятствий не встречается.
Но в августе 1920 г. вновь была объявлена регистрация всех бывших белых офицеров в возрасте до 65 лет — на этот раз по линии Краснодарского отдельского военкомата. Коллеги И. И. Кияшко (который ко времени установления советской власти имел звание полковника) обратились с ходатайством в Главархив, в Москву, «о содействии перед кем следует о снятии теперь и на будущее время т. Кияшко с учета как бывшего офицера вследствие неспособности его к военной службе по летам и состоянию здоровья и равно как ценного и трудно заменимого работника по местной старине». При этом в письме, подписанном С. М. Грамматикаки, управделами Архивного управления, подробно излагались заслуги И. И. Кияшко, перечислялись его научные труды и, в частности, указывалось, что «в настоящее время т. Кияшко разрабатывает материалы о состоянии древностей, остатков старины и народного быта в Кубанском крае в 1912 году, полученные по разосланной анкете в 1911 году через местные административные органы станичного самоуправления. Материалы эти очень интересны по содержанию и снабжены большим числом карт, планов, чертежей, фотографий и т. п.».
Добавим к этому, что на рабочем столе Кияшко ждали завершения и другие его, так и не опубликованные, труды: «Почти закончена в трех томах работа списков всех награжденных войсковых жителей; составлено пока два тома «Боевой хроники Кубанского казачьего войска с 1696 г. по 1840 г. включительно», этой последней работы предполагается составить еще 5–6 томов, — писал И. И. Кияшко в одном из своих докладов, — материалы к ней печатные и письменные имеются у меня в изобилии, но по независящим от меня обстоятельствам продолжение этой работы временно мною приостановлено. Не вполне еще закончены: 1) Черноморцы в Севастополе в 1854–1855 годах; 2) Черноморцы — пластуны; 3) ст. Суворовская; 4) ст. Павловская; 5) описание старинных предметов и других памятников в Кубанской области и др.».
Но, конечно, не для военной службы вызывали И. И. Кияшко в военкомат и особые отделы. Принадлежность к «контрреволюционному» сословию и Кубанскому казачьему войску превращали престарелого архивариуса в подозрительную личность. 27 февраля 1921 г. он был арестован Кубано — Черноморской ЧК по обвинению «в контрреволюции, выразившейся в вербовке бывших офицеров и оказании помощи бело — зеленым». На следующий день в его доме в Краснодаре по улице Котляревской (Седина), 35 был произведен обыск. Вместе с Кияшко по данному делу привлекалось еще пять человек, якобы связанных с контрреволюционной организацией «Круг спасения Кубани».