На другой же день по своем приезде в Троицкую лавру Петр послал к Софье запрос, для чего был сделан ночью 7 августа сбор стрельцов в Кремле. Ответ был получен — «для богомолья царевны». Тогда государь потребовал к себе из Москвы полковника Циклера и 50 стрельцов. Он с товарищами и многими другими лицами открыл замыслы царевны и стрельцам наказы. Видя, что к Петру стекается все более народа, Софья думала помириться с братом при помощи посланного к Троице патриарха. Но он, прочитав показания об умыслах царевны, перешел на сторону Петра. Когда же в Москве были получены его грамоты стрельцам и народу идти к Троице на защиту царя, а ряды приверженцев царевны все редели, тогда она сама решилась ехать к брату, но перед Троицей, в селе Воздвиженском, получила приказ не ехать туда, иначе «с нею нечестно поступлено будет». Когда она возвратилась в Москву, к ней пришло требование выдать Шакловитого, монаха Сильвестра Медведева и их сообщников. Шакловитый с некоторыми стрельцами был казнен. Медведев же был сначала посажен в заключение и только впоследствии, когда явились новые против него улики, был казнен; князь В. В. Голицын отправлен в заточение; сама Софья Алексеевна заключена в Новодевичий монастырь, где впоследствии была насильственно пострижена, под именем Сусанны.
С 1689 года начинается правление Петра, в которое не вмешивается его слабый брат Иоанн, умерший двести лет тому назад, в 1696 году. В течение шести недель над его гробом в Архангельском соборе денно и нощно стояли бояре, окольничьи, думные люди, стольники и т. д.
Но молодой царь еще мало занимался государственными делами, продолжая предаваться своим сухопутным и водяным учебным потехам.
Еще летом 1684 года, когда царю было всего 12 лет, он недалеко от отцовского двора, в Преображенском, построил потешную крепостцу, которая была названа Пресбургом, или Прешпуром. Петр с заступом в руках сам работал над этим укреплением и втаскивал на него пушки. Здесь были башни, светлицы с часами, бившими перечасье, и столовая, где обедали. Крепостца была предметом воинских упражнений: потешные преображенцы и семеновцы брали ее приступом. Недалеко от потешного городка Яуза была запружена, и там стояла мельница. Здесь в 1686 году были спущены небольшие суда — карбусы и лодки, на которых плавали по Яузе в Немецкую слободу. В 1688 году, как рассказывал сам Петр, в Измайлове, в старых амбарах боярина Никиты Романова, был найден английский ботик, который при содействии учителя фортификации Франца Тиммермана тогда же был отдан в починку мастеру Карштену Бранту. Ботик был спущен на Яузу, но он по узости ее толкался в берега и после того спущен был на Просяное озеро в Измайлове. Когда Петру пошел семнадцатый год, царица Наталья Кирилловна женила его на боярышне, дочери окольничего, Евдокии Феодоровне Лопухиной. Старше Петра на три года, она была воспитана в отеческих обычаях и отличалась смиренным характером и набожностью. Свадьба совершилась скромно 27 января 1689 года; небольшое число приглашенных было поражено красотой новобрачных. Петр с его богатырским сложением, с огненно-черными глазами, с черными вьющимися волосами, являлся уже олицетворением красоты и силы. Но, к несчастью, он не любил своей жены. Женитьба не уменьшила страсти Петра к излюбленным его воинским потехам: потешные походы и маневры делаются все чаще. 6 августа 1690 года царь устроил на полях Преображенских примерное сражение между потешными полками и стрельцами; последние были побиты народившеюся гвардией — преображенцами и семеновцами. 4 сентября здесь происходила новая битва, генерал Гордон говорит о ней: «Мы бились партиями и целыми корпусами до темной ночи и с такою запальчивостью, что многие были ранены и обожжены порохом». Сам Гордон был ранен в ногу. В следующем 1691 году опять было сражение. И сам Петр писал о нем: «И тот бой ровнялся судному дню». Ближний стольник князь И. Д. Долгоруков «от тяжкия своея раны, паче же изволением Божиим, переселился в вечны кровы, по чину Адамову». На штурме полкового двора, в селе Семеновском, бросая гранаты, царь сильно опалил себе лицо. Но частых фейерверков и примерных сражений для Петра было мало. Он сам строит ботики и яхты, едет на них с потешными и стрельцами по Москве-реке на Угрешу, отправляется на Переяславское озеро, где устраивает целую флотилию. Наконец, под предлогом богомолья в Соловках, едет в Архангельское и, вопреки запрету матери, плавает на настоящих кораблях, по настоящему морю.